В таких случаях обороты с помимо обычно обособляются. Однако если Вы не выделите запятыми оборот с помимо в обоих предложениях, это тоже не будет ошибкой. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

Слово орган восходит к греческому ὄργανον, но в русский язык это слово в современных значениях заимствовано из польского, где оно также употребляется в отношении государственных или общественных организаций и учреждений.

Запятая не нужна.

Повтор здесь нужен (в том числе в связи с протетическим Н в слове "нее", которое используется после предлога).

Форма множественного числа возможна, если имеются в виду разные элементы. Например: чёрные металлы (железо и его сплавы), благородные, драгоценные металлы (золото, серебро, платина), цветные металлы (о всех металлах, кроме чёрных). Если в одном магазине продаются ветчина, очки и цемент, почему бы не предположить, что в нем выставлены на продажу и разные металлы?

Корректная пунктуация: И вроде бы да, и вроде бы нет. Трудно понять.

«Мы не идем сегодня гулять?» — это вопрос с псевдоотрицанием, потому что он практически равнозначен вопросу без отрицания: «Мы идем сегодня гулять?» Во всяком случае, именно так он обычно воспринимается. Отрицательная частица здесь относится не к действию, обозначенному глаголом, а к совершенно иному слою содержания высказывания, она вносит в высказывание примерно следующий смысл: ‘Не имеет ли место ситуация «Мы сегодня идем гулять»?’ Это означает, что задающий вопрос испытывает сомнение по поводу действительности ситуации «Мы сегодня идем гулять», и вот это сомнение отрицательная частица как раз и отражает. 

Отвечая «Нет», собеседник тем самым сообщает: ‘Такая ситуация места не имеет’ = ‘Мы не идем гулять’.

Поэтому ответ «Нет» обычно означает «Нет, не идем» и именно так воспринимается.

Точно так же, когда вы спрашиваете только что упавшего ребенка: «Ты не ушибся?», а он отвечает «Нет», — вы успокаиваетесь, потому что его «Нет» означает, что он не ушибся, ситуация «Ребенок ушибся» места не имеет.

Следует заметить, что в данном случае уместнее говорить о нормах не русского языка, а речевого поведения. Если человек хочет быть понятым правильно, он не ограничится односложным «Нет», а добавит «не идем» — и недопонимание будет исключено.

Перед одиночным союзом и, соединяющим однородные придаточные части (в данном случае они зависят от глагола подсказать), запятая не ставится: Что влияет на сроки создания и реализации проекта, что в них входит, а что нет и, главное, как минимизировать не только финансовые, но и временные затраты заказчика, может и должен подсказать архитектор.