В этом предложении поясняющие определения выделяются парными запятыми: Если условно разделить атмосферу на два слоя, приземный и свободный, и ввести две величины...

Норма допускает оба варианта, сравним примеры из пункта 4 параграфа 211 справочника под ред. Д. Э. Розенталя: две тысячи рублей, взятых взаймы – десять тысяч рублей, взятые у сестры (Л. Толстой). В современных текстах чаще встречается первый вариант согласования причастного оборота с определяемым словосочетанием «числительное + существительное». 

Как раз здесь запятую ставить не нужно. См. ответ на вопрос 322621.

Запятая перед союзом и не ставится потому, что это две главные части при одном придаточном когда торговля приходила в упадок. Добавим, что после первой части сложной синтаксической конструкции предпочтительно двоеточие — знак, выражающий отношения пояснения: Но бывали и другие времена: когда торговля приходила в упадок, тогда живописные изображения исчезали с вывесок и на них оставались только скупые надписи.

Указанные в скобках запятые не нужны, так как союз и в том и в другом предложении соединяет две однородные придаточные части (в первом примере главная часть восстанавливается приблизительно как Мы расскажем, какие факторы влияют на этот процесс и возможно ли его замедлить).

К сожалению, на телефонные звонки мы не отвечаем. Вы можете позвонить в Справочную службу Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН: +7 (495) 695-26-48. Служба работает с понедельника по четверг с 12:00 до 16:00.

В речевой практике сохраняет силу общая рекомендация «правильного» выбора слов: в соответствии с авторским замыслом, с учетом стилистических особенностей текста. В разговорной речи две фразы с глаголом направьте — на адрес электронной почты и по адресу электронной почты — сообщают об одном и том же действии и едва ли различаются какими-либо смысловыми признаками. В официально-деловой речи склонять пишущего к выбору одного из вариантов могут тематические и содержательные свойства текста, а также стандарты оформления, принятые в профессиональной среде. Дублирующее использование указания е-mail (написание Е-mail обычно в начале предложения) не представляется необходимым.

По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.

По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.

По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.

Корректно: многоа́томные.

В этом предложении знаки препинания расставлены правильно. Запятая стоит перед и, так как в предложении две грамматические основы: мы писали и я допустила. Обстоятельственный оборот с предлогом несмотря на обычно обособляется, за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу.