Вместе с тем запятыми не выделяется (в первом и третьем примерах после вместе с тем запятая не нужна).
Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.
Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.
Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.
Лучше: совещание по теме.
См. ответ на вопрос № 252710.
Лучше первый вариант.
Недостает запятой перед и чем. Обратите внимание: в предложении есть стилистическая погрешность. Неудачно сочетание защищать себя и кожу. Слова, называющие целое и его часть, – логически неоднородные компоненты. Они не могут образовывать ряд однородных членов. Вероятно, конструкцию индекс, значение которого 3-7 можно сократить до индекс 3-7.
Запятая между двумя союзами не ставится, поскольку нельзя изъять придаточное предложение из состава сложного предложения.
Воспользуйтесь, пожалуйста, «Справочником по пунктуации».
