С точки зрения пунктуации здесь всё верно. Сочетания с одной стороны и с другой стороны в таких случаях не являются вводными (см. «Справочник по пунктуации»).

В конструкциях типа О, О или О запятая может соответствовать логическому или. Ср., например: Особенно если ты великий композитор, физик-теоретик, лодочник или конюх (Д. В. Драгунский). Обычно характер сочинительных отношений между однородными членами проясняется в контексте. В случае необходимости следует использовать дополнительные средства выражения того или иного смысла, например повторяющиеся разделительные союзы или… или.

Предложение составлено неверно. Неясно, к чему относятся слова по следующему делу. Вот возможный вариант начала предложения: В деле отсутствуют документы (не подшиты и не вложены в дело, не представлены проверяющим), подтверждающие направление сообщения в военкомат о вступившем в законную силу приказе...

Вероятно, Вам могли рассказывать о предположительной этимологии фамилии, описанной в словаре «Русские фамилии» Ю. А. Федосюка: 

МУСОРГСКИЙ. Родоначальником знаменитого композитора М. П. Мусоргского был Роман Васильевич, по прозвищу Мусoрга. В фамилии ударение изменилось. «Мусyргос» по-гречески – певец, музыкант. Не отсюда ли прозвище предка, как нельзя лучше оправдавшее себя в фамилии потомка?

Слово набухший в речи может быть как причастием, так и прилагательным. Ср.: Она не плакала, но глаза ее были красными, а веки набухшими и Внизу на уровне третьего этажа ветер силился раскачать набухший от дождя плакат. Образуется оно от основы пр. времени глагола сов. вида набухнуть  – набух (ср.: набухла, набухли). 

Если однако имеет значение противительного союза но (стоит в начале предложения или соединяет однородные члены), то запятая ставится только перед союзом: Информация отсутствует, однако ее можно запросить. Однако подготовка и проведение конкурсов планируется позднее. Обособляется вводное слово однако и однако в значении междометия: Смотри, однако, будь осторожен! Однако, какой ветер!

Можно, конечно. Раз, два, три... – корректно. Есть распространенное суждение, что неверно говорить раз, два, три, а нужно говорить один, два, три, но совершенно непонятно, на чем это суждение основано. В словарях русского языка раз фиксируется как абсолютно равноправная замена слову один при счете.

В этих случаях причастный оборот стоит после определения-прилагательного и перед определяемым словом (т. е. разрывает непосредственную связь прилагательного и существительного): В старом, стоящем на холме доме гулял ветер; На нее смотрели темные, горящие ненавистью глаза. См. параграф 38 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Правильно: два документа. Собирательные числительные (двое, трое, четверо...) употребляются с одушевленными существительными, называющими лиц или животных, а из неодушевленных – только со словами pluralia tantum (употребляющимися лишь в форме множественного числа) и с названиями парных предметов (пятеро ножниц, трое щипцов, двое носков и т. п.).