Согласно Конституции Российской Федерации у нашей страны есть два равнозначных наименования – Российская Федерация и Россия. Сокращение РФ официальным названием страны не является, хотя широко употребляется в официально-деловой речи, в документах. Это не ошибка, скорее – характерный признак именно канцелярско-бюрократического языка.

После воссоединения Восточной и Западной Германии директор Европейского департамента в 1995 г. в специальном документе (со ссылкой на договоренность министерств иностранных дел России и Германии) подчеркнул решение сторон не склонять по падежам слово Германия в официальном названии государства – Федеративная Республика Германия.

Действительно, сочетание в День России является пояснением по отношению к сочетанию 12 июня. Именно поэтому его нужно выделить запятыми, как указано в справочниках, например в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Это устарелый синоним. Вместе с первой железной дорогой, в 1838 году, в России появилась и стала популярной песня М. И. Глинки на слова Н. В. Кукольника:

Дым столбом, кипит, дымится пароход!

Если название организации заключается в кавычки, то кавычки сохраняются и в том случае, если название оказывается внутри прямой речи (предпочтительно при этом использовать кавычки разного рисунка). Например: «Я люблю останавливаться в гостинице "Россия"», — сказал он. 

Словосочетание гражданская война пишется строчными как родовое название, определяющее характер войны (в этой стране высока вероятность гражданской войны). С прописной пишется первое слово этого названия, если речь идет об историческом событии: Гражданская война в России 1918–1920, Гражданская война в США 1861–1865.

Эти слова пишутся строчными (в т. ч. в официальных документах): герб Красноярского края. Если речь идет о государственном гербе, гимне, флаге России, то с большой буквы пишется только прилагательное (и только в официальных документах): Государственный герб РФ, Государственный гимн РФ, Государственный флаг РФ.