Корректно: программное обеспечение 3D.
Верно с дефисом: LED-светильники.
Знаки №, % и § отделяют пробелом от числа (в типографской терминологии – «отбивают от цифр на полукегельную» – см. «Справочник издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой). Между числом и буквенным сокращением единицы измерения (км, мм, см, кг, г и т. п.) пробел обязателен: 90 мм
Верно: 25 мегабайт.
Верно: в заседании принял участие 51 депутат.
Если трест является филиалом АО «РЖДстрой», то грамматически корректно: управляющий строительно-монтажным трестом № 11 – филиалом АО «РЖДстрой». Но нужно учитывать, что в официальном названии должности должно быть точно воспроизведено официальное название организации.
Возможны оба варианта.
Запятя не требуется. Объяснение с примерами см. в «Справочнике по пунктуации».
Верно: ...погибшего.