Запятая не требуется. Обратите внимание, что верно: В отсутствие лаборанта...
В начале вставной поясняющей конструкции функция слова читай близка к функции пояснительного союза. А. В. Зеленин и Д. В. Руднев в статье, посвященной подобным примерам употребления слова читай, замечают: «Служебная функция слова читай нечетко противопоставлена его первичной функции, поэтому пишущие предпочитают использовать после него знак тире или двоеточие, употребление которых в этом случае восходит к бессоюзным сложным предложениям. Знак тире, очевидно, в большей мере отражает отношения противопоставления «поясняемое – поясняющее», которое оформляет слово читай». В справочниках по пунктуации читай-пояснительное не упоминается.
Запятая нужна: далее следует придаточная часть сложноподчинённого предложения.
На этот случай распространяются правила постановки запятой на стыке союзов в сложноподчиненном предложении: запятая ставится, если после первого союза следует одиночный союз в придаточной части, и не ставится, если после первого союза следует двойной союз. Соответственно, чтобы решить, ставить ли запятую, нужно знать продолжение предложения, сравним: Так что, если со мной что-то случится, ты об этом узнаешь, но Так что если со мной что-то случится, то ты об этом узнаешь.
Знаки препинания расставлены верно. Несогласованное определение какого-то масонского толка поясняет определение этого и нуждается в обособлении.
В этом бессоюзном сложном предложении требуется двоеточие: Просьба: не хлопай дверью!
Корректно написание через дефис. Ср. с предписаниями академического «Русского орфографического словаря» для сочетаний подобной структуры.
Да, приложение учителю физики школы № 5 выделяется запятыми: Благодарность Ивановой Марии Алексеевне, учителю физики школы № 5, за выступление на семинаре.
В таком изолированно взятом предложении тире не требуется. Возможно, в определенном контексте будут уместны иные пунктуационные решения.
Запятая после выбери нужна. Она ставится на границе частей сложноподчиненного предложения (между главной и придаточной частью).