Запятая нужна, так как в данном случае скорее всего — вводное сочетание. 

См. в учебнике С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации».

Корректно с тире: Главное — наличие чина, а каким образом его получить — не имеет значения.

Когда сноска относится к словосочетанию, а не ко всему предложению, логично будет поставить знак сноски непосредственно после словосочетания, к которому она относится, то есть перед многоточием: Увидел человеческую голову с длинной косой¹… 

Запятая нужна. Правильнее руководствоваться таким критерием: запятая на стыке союзов ставится, если придаточную часть можно изъять из текста или переставить в другое место сложноподчиненного предложения. Здесь перестановка вполне возможна: Собака сначала всё время бежала впереди охотника, но шаги её, как только она почувствовала дичь, замедлились и стали крадущимися. Собака сначала всё время бежала впереди охотника, но шаги её замедлились и стали крадущимися, как только она почувствовала дичь.

Нет, это не полные синонимы. Несклоняемые слова – не имеющие форм склонения, не изменяющиеся по падежам. Несклоняемыми могут быть существительные, прилагательные. Неизменяемые слова – слова разных частей речи, не имеющие форм словоизменения. Например, существительное пальто мы можем назвать и несклоняемым, и неизменяемым. А вот предлоги, союзы, частицы, междометия мы можем назвать только неизменяемыми словами, но не можем назвать их несклоняемыми (т. к. не бывает склоняемых предлогов, союзов, частиц, междометий).

Правильно: Слепой знал, что в комнату смотрит солнце и что если он протянет руку в окно, то с кустов посыплется роса. Не ставится запятая между однородными придаточными предложениями, соединенными неповторяющимся союзом и. Не ставится запятая на стыке союзов что если, т. к. далее следует соотносительное слово то. Ср.: Слепой знал, что в комнату смотрит солнце и что, если он протянет руку в окно, с кустов посыплется роса.

Вводные слова обычно не отделяются запятой от союзов, стоящих в начале предложения, однако в данном случае союз но и вводное сочетание может быть не обнаруживают тесной связи, вполне возможно изъятие или перестановка вводного сочетания, например: Но стоит, может быть (о вариативной пунктуации в подобных случаях см. параграф 25.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Исходя из этого, рекомендуем вариант: Но, может быть, стоит. 

В академической «Русской грамматике» 1980 г. слово зато, наряду со словами ведь, иначе, поэтому и многими другими, отнесено к «аналогам союзов», которые могут выполнять союзную функцию. В параграфе 1673 читаем: «Многие из таких аналогов широко употребительны в качестве конкретизаторов при семантически недифференцированных союзах: и вдобавок, да еще, а значит, и наоборот, а потому, а следовательно, но зато, но только, или иначе».