Верно: 1) в 1500-е годы; 2) ​​​​​​​в 1514 году; 3) ​​​​​​​в 1503–1512 годах; 4) ​​​​​​​в 1539 году.

Допустимы оба варианта, ошибки не будет.

Правильно: в отсутствие. 

Существительным километр управляет слово тысяча, которое по своим грамматическим свойствам является существительным. Форма управляемого существительного во всех сочетаниях с главным словом тысяча сохраняется: тысяча километров, в тысяче километров, в двух тысячах километров, двумя тысячами километров, но в двух километрах, двумя километрами (два — числительное, а в формах косвенных падежей числительное согласуется с существительным, а не управляет им). О грамматических свойствах числительных и слов тысяча, миллион, миллиард и т. п. можно прочитать в учебниках русской грамматики, например в учебнике Е. И. Литневской на нашем портале.

Правила склонения см. в «Письмовнике».

Вы правы в том, что при записи количественных числительных наращение не используется. Но в издательской практике прошлого при указании количества книг, томов наращение ставилось. В книге «Русское правописание с комментариями» в библиографическом описании на обороте титула (которое делало издательство) наращение присутствует.

Мы передали Ваше замечание авторам книги, они обсудят этот вопрос с издательством.

Приведенное Вами высказывание вообще не является восклицанием. 

Риторическое восклицание ― это риторический прием, часто используемый в лирике и драме. Суть его заключается в использовании восклицательного предложения для передачи интенсивных, ярких чувств, переживаний, ощущений или впечатлений говорящего (восторг, восхищение, гнев, ярость, разочарование и др.):

Как верим верою живою,

Как сердцу радостно, светло!

Как бы эфирною струею

По жилам небо протекло!

(Ф. Тютчев)

Риторическое восклицание может служить для описания интенсивности переживаний и высокой степени концентрации внимания говорящего на объекте, привлекшем его внимание, или цели, полностью захватывающей его сознание.

«Всё равно победим!
Никогда, никогда
Коммунары не будут рабами!»

(Е. Евтушенко)

Как правило, риторическое восклицание сопровождается гиперболизацией, укрупнением масштабов происходящего.

Гора горевала о нашем горе —
Завтра! Не сразу! Когда над лбом —
Уж не memento, а просто — море!
Завтра, когда поймем.

(М. Цветаева)

Поскольку оборот с непервообразным предлогом в целях достаточно распространенный, рекомендуем поставить после в 2020 году запятую, чтобы обозначить границы оборота и избежать двусмысленности.