Правильно: театральное Кемерово. Название этого города — существительное среднего рода. 

Варианты тоннель и туннель равноправны.

Ваш вопрос труден, потому что приложение — вообще довольно загадочная вещь. Его трактовка как разновидности определений с теоретической точки зрения не выдерживает критики.

Однозначно можно сказать, что приложение является отдельным членом предложения, когда оно обособлено. В этом случае у приложения особая функция, отличная от функции «определяемого слова». Очень часто дополнительная функция обособленного приложения — выражение причинных отношений (Красавица и умница, Маша всегда привлекала всеобщее внимание).

Что же касается необособленных приложений (которым и посвящен вопрос), то отталкиваться нужно от того, что ключ не в неделимости сочетания, а в однофункциональности приложения и определяемого слова. Мы приехали в город: в город является обстоятельством. Мы приехали в Петербург: в Петербург является обстоятельством. Оба слова прекрасно справляются с функцией обстоятельства. Следовательно, в предложении Мы приехали в город Петербург мы имеем обстоятельство, выраженное словосочетанием с приложением. Это один член предложения. При этом никто не мешает нам указать на то, что один из компонентов распространенного обстоятельства (или другого члена предложения) представляет собой приложение по отношению к другому.

При письменном разборе мы подчеркиваем интересующее нас словосочетание как один член предложения, но надписываем над приложением «приложение» и графически показываем его зависимость от «определяемого слова». При выполнении тестов ОГЭ или ЕГЭ прежде всего анализируем постановку вопроса: предполагается или не предполагается этой постановкой особое выделение приложений.

Примечание: ответ дан с позиций университетского преподавателя. Именно этим объясняется, в частности, то, что словосочетание определяемое слово взято в кавычки: это ирония, так как очень часто невозможно решить, что является определяемым, а что — приложением (это относится и к примерам про Машу и Елену).

Возможно, специалисты по подготовке к ОГЭ/ЕГЭ, методисты и т. д. ответили бы на этот вопрос иначе. Целесообразно проконсультироваться у них.

Предложение лучше перестроить. Например, так: По данным управления ЖКХ, дома в городе обслуживаются 45 коммунальными компаниями.

Правильно: через реку Ангару, в городе Иркутске. О склонении географических названий см. в «Письмовнике».

Столица Казахстана сейчас – Астана. А название города Алма-Ата (прежней столицы Казахстана) по-русски пишется именно так: Алма-Ата.

Лучше так: Подтверждение тому - раскопки в городе Эребуни, современном Ереване, и найденные там старинные кувшины.

Если причастие относится ко всему ряду однородных членов, то правильно: ...инструменты и оборудование, производившиеся в городе. 

В литературном языке правильно: из какого города звоните. Вариант с предлогом с — просторечие, его лучше не употреблять.

1. Правильно: Начальникам управлений городским имуществом в административных округах города Москвы.

2. Дополнительные знаки препинания не требуются.