Написание с прописной нарицательных существительных, используемых не в своем обычном значении, потерявших свое прямое значение, регламентировано для имен людей (Ричард Львиное Сердце) и составных географических названий (Кузнецкий Мост, Ясная Поляна). Написание Волшебная Печенька соответствовало бы правилу, если бы это сочетание было прозвищем или географическим названием, например: деревня Волшебная Печенька. 

Название сети магазинов орфографически правильно было бы писать «Волшебная печенька» (независимо от ассортимента их товаров), но при этом приходилось бы учитывать, в каком виде зарегистрировано название торговой марки, и сохранять это написание в официальных документах.

Приведенная Вами фраза некорректна, хотя союзное слово который может быть отделено от слова, к которому относится придаточное предложение. Придаточное может примыкать к слову с определением в постпозиции, например: Левинсон обвел молчаливым, влажным еще взглядом это просторное небо и землю, сулившую хлеб и отдых, этих далеких людей на току, которых он должен будет сделать вскоре такими же своими, близкими людьми, какими были те восемнадцать, что молча ехали следом. Второстепенный член предложения может стоять в начале придаточной части: Валерия – так звали девушку, от тоски по которой я сбежал из деревни в Москву. 

При наличии пояснительного оттенка запятая возможна.

Нам представляется, что "красный от радости" - наиболее неудачный вариант. Хотя и его можно себе представить.

Правильно: палео-Волга, палео-Ока.

Согласно рекомендациям в справочнике Д. Э. Розенталя, ставится тире перед распространенным приложением, стоящим в конце предложения, если дается разъяснение или перед приложением можно вставить а именно. Поэтому мы рекомендуем поставить тире: ...беседуем с одним из ведущих специалистов в этой области – профессором Йельского университета Ивановым.

См. ответ на вопрос № 176838.

Верно: Кто же еще, если не Анна, в сговоре с Ольгой?

Запятая нужна, поскольку придаточное предложение в данном случае состоит не из одного этого слова.