1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».
2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».
Вместо двух запятых логичнее поставить скобки для обособления вставной конструкции.
Вы корректно процитировали словарные рекомендации.
Между подлежащим, выраженным существительным, и сказуемым, выраженным глаголом в неопределенной форме, ставится тире. Поэтому верен второй вариант.
Допустимы оба варианта.
В обоих случаях обороты с предлогом по сравнению могут обособляться или не обособляться, оба варианта будут верны. Однако в середине предложения (как в приведенных случаях) такие обороты чаще обособляются.
Подробно см. в "Справочнике по пунктуации".
Корректно заключить название в кавычки: искупаться можете в «Аквафоруме».
Правильна форма мужского рода: действующий. Сочетание генеральный директор пишется строчными буквами.
Как правило, в подобных случаях используется форма единственного числа.
Оптимально: Надо пройти по подземному переходу до конца.
