Список литературы обязательно нужно включить в перевод, оформив его по правилам, действующим для отечественной печати. 

Верно: Каждую часть, книгу комплектуют отдельно в тома формата А4 или альбомы формата А3 и брошюруют с переплётом и прозрачной пластиковой обложкой.

Основным принципом русской пунктуации является грамматический, а не интонационный. Рекомендуем Вам ознакомиться с таким, например, материалом.

В справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя предложения подобной структуры представлены среди эллиптических (сравним пример: Олимпийский огонь — на нашей земле!) — очевидно, с пропущенным глагольным сказуемым со значением местонахождения; сочетание на 80-й строчке в этом случае играет роль обстоятельства. Но возможен и иной синтаксический разбор предложения: сочетание на 80-й строчке — именная часть составного именного сказуемого, выраженная предложно-именным сочетанием (сравним пример: Небо без единого облачка) при нулевой связке быть. На вариативность пунктуации это, впрочем, не влияет.

Вы правы в том, что в приведенных примерах деепричастие учитывая употреблено некорректно. Во всех трех случаях лучше использовать условное придаточное: Если учесть, что… Но деепричастие при этом не перестает быть деепричастием. Предлог не может подчинять изъяснительное придаточное, на это способно только знаменательное слово с определенным значением.

Некорректность употребления деепричастия заключается в следующем. Действие, обозначаемое деепричастием, должно выполняться тем же субъектом, что и действие, обозначенное глаголом-сказуемым. Но сочетание не может учитывать (в первом примере), словообразование — тоже (второй пример), стратегия — тоже (третий пример). Именно несоблюдение этого правила вы ошибочно именуете «согласованием со сказуемым» (согласования в грамматическом смысле здесь нет).

Это не ошибка, так как использование вспомогательного соотносительного слова (указательного местоимения) в сложноподчиненном предложении с изъяснительным придаточным  допустимо, а в некоторых близких конструкциях (прежде всего в местоименно-соотносительных предложениях вмещающего типа: Я всегда восхищался тем, как она поет) обязательно. В особых случаях употребление такого слова при изъяснительном придаточном неизбежно — например, в случае контраста: На прошлом уроке мы говорили о восстании декабристов. А вот о том, какие оно имело последствия, мы поговорим сегодня.

В приведенном примере указательное местоимение, безусловно, избыточно, и это можно считать не ошибкой, но недочетом.

Понятие синтаксического плеоназма, конечно, существует. Достаточно обратиться к Википедии, чтобы в этом убедиться. Кстати, первый пример синтаксического плеоназма, который там приводится, совершенно аналогичен примеру, приведенному в вопросе. (А вот второй пример в Википедии крайне сомнителен.) В конце статьи есть небольшой список источников: все они заслуживают доверия.

Вы правы, точка ставится.

Да, Вы правы по обоим случаям.

Действительно, это выражение может быть не всем понятно, мы рекомендуем заменить его. Если все же Вы решите его оставить, лучше написать в кавычках в два слова: проводить работы "на живую".