Правильно. Предлог из антонимичен предлогу в, а предлог с — предлогу на.
В середине текста правильно со строчной, например: в соответствии с постановлением Правительства...
В этих предложениях придаточная часть усечена до одного союзного слова. Запятая в этом случае не нужна: Можете уточнить почему?; Я не знаю где; Я не уверен откуда.
Возможная пунктуация: Исходя из того, что я знаю (а это больше, чем они думают, что я знаю... по крайней мере мне так кажется).
При официальном титуловании правильно: Патриарх Московский и всея Руси. Вне такого употребления слово патриарх пишется со строчной, например: патриарх Кирилл, прием у патриарха.
Верно: со свидетельством.
Обороты с предлогом независимо от могут обособляться в некоторых случаях (при интонационно-логическом выделении).
Следует писать строчными буквами.