О знаках препинания при оборотах с союзом в том числе см. в «Справочнике по пунктуации». Обратите внимание: в Вашем предложении союз неуместен, так как не указано, из какого круга случаев выделяются названные. 

Запятая нужна, т. к. союз и соединяет части сложного предложения. Обратите внимание: в предложении содержится нежелательный лексический повтор. Возможен такой вариант: 90 % респондентов отметили доброжелательность сотрудников, и 95 % остались довольны их компетенцией.

В данном случае союз и связывает первую часть сложной синтаксической конструкции с блоком, состоящим из всех остальных частей; грамматическая основа первой части конструкции — Антон Сергеевич вставал, второй части — он вдыхал.

Имеются в виду сложные прилагательные, образованные соединением основ таких прилагательных, между которыми можно было бы поставить сочинительный союз и: визуально-инструментальный ← визуальный и инструментальный; визуально-звуковой ← визуальный и звуковой и т. п.   

В этом бессоюзом сложном предложении можно усмотреть перечислительные отношения между частями, прочитать с соответствующей интонацией и поставить запятую, а можно счесть, что отношения сопоставительные (между частями возможен союз а), и поставить тире.

Запятые в этом ряду не нужны, потому что в нем нет повторяющихся союзов. Союз да (в значении «и») соединяет сочетание желтая хвоя с сочинительным словосочетанием обрывки бумаги и бутылочные осколки.

В этом предложении союз как имеет значение «в качестве», а потому оборот с этим союзом не обособляется: ...результаты, полученные автором как одним из исполнителей государственной программы при выполнении научных работ...

Это нормальное для русского языка выражение. Союз чтобы может присоединять придаточную часть сложноподчинённого предложения, в которой раскрывается содержание просьбы, приказа и т. д., обозначенных глаголом (в данном случае проверьте) в главной части.

Если имеется в виду запятая перед союзом и, то она не нужна, так как союз соединяет две однородные придаточные части: Лиза еле дождалась, когда уйдёт Глеб и они с матерью останутся наедине.