Рекомендации справочников следующие. Сложносоставные слова типа плащ-палатка, кран-балка и т. п., с тесно слившимися частями, склоняются только во второй части. При меньшей спаянности составных частей возможны дублетные падежные формы: диван-кровати, дивана-кровати.

Запятая нужна, чтобы закрыть придаточную часть. Постановка тире никак не мотивирована, тем более что и по смыслу части тесно связаны друг с другом: ...ставили археологов в тупик, пока не было обнаружено...

Это предложение с именительным темы. При именительном темы (доброта), тесно связанном с основным предложением, в котором имеется личное или указательное местоимение в качестве слова-отсылки (в данном случае это слово она), ставится тире.

Такая пунктуация не ошибочна, если считать, что определительный оборот имеет характер пояснения или уточнения (обычно определительный оборот, стоящий после определительных, указательных и притяжательных местоимений, тесно примыкает к ним и запятой не отделяется).

Запятая не нужна. Оборот с союзом как не выделяется запятыми, если входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу (в данном предложении сказуемое отношусь не имеет смысла без сравнительного оборота).

Определительный оборот (в т. ч. причастный), стоящий после определительных местоимений (а все – определительное местоимение), обычно тесно примыкает к ним и запятой не отделяется. Запятые ставятся, только если оборот имеет характер пояснения или уточнения.

В этом случае сравнительный оборот тесно связан со сказуемым (смысл предложения не в том, что он танцует, а в том, как именно он танцует), а значит, запятую перед союзом как ставить не нужно.

Сочетание я думала употреблено здесь в функции вводного, оно имеет модальное значение «неуверенность, предположение» и тесно примыкает к союзу а, находящемуся в начале предложения. Таким образом, корректно: А я думала, сова.

Корректная пунктуация: Антон Антонович был, несмотря на небольшие нарушения, хорошим городничим. Обороты, присоединяемые предлогом несмотря на, обычно обособляются (за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу).

После присоединительного союза (в начале самостоятельного предложения) запятая обычно не ставится, так как союз тесно примыкает к следующему за ним вводному слову. Однако запятая возможна при интонационном выделении вводных слов. Окончательное решение принимает автор текста.