Правильно: принимать по две капсулы в день.
Слова по крайней мере выделяются запятыми как вводные. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
В большинстве случаев названия рек согласуются с родовым наименованием, т. е. склоняются: по реке Оби, по реке Днепру. Однако малоизвестные названия рек обычно не согласуются. Представляется, что Пур можно отнести к малоизвестным названиям рек, следовательно: по реке Пур.
Личные имена, как правило, ограниченно образуют формы мн. ч. Имя Кузьма - не исключение: регулярных форм мн. ч. нет, но если такую форму по каким-то причинам нужно образовать, то она будет аналогичной формам других слов первого школьного склонения (таких, как жена, сестра, тесьма и т. п.).
Запятая нужна. Слово думаю в этом случае вводное, оно указывает на неуверенность автора (говорящего) в сообщаемом.
Приложение (определение, выраженное существительным), стоящее после имени собственного, выделяется запятыми: Комитет по физической культуре и спорту награждает Иванова Максима, учащегося школы № 237, за 1-е место в соревнованиях по пулевой стрельбе.
Запятая ставится, если вводное слово похоже выделяется интонацией, то есть перед ним делается пауза. Если такой паузы нет, запятая не ставится.
