В каждом из этих случаев мы имеем дело с приложениями, первое из которых называет должность, профессию, второе — звание. Эти приложения характеризуют лицо с разных сторон и потому не однородны (см. параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Об этом рассказал доцент кафедры всеобщей истории МГУ кандидат исторических наук Александр Иванов. Нас обучал тренер по лёгкой атлетике мастер спорта Иван Петров.

Здесь можно не выделять запятыми слова "в сущности".

Структура предложения говорит о том, что однако относится к главной части с грамматической основой нужно обновлять, а значит, запятая перед деепричастием нужна: Однако, учитывая, что мошенники постоянно придумывают новые способы обмана, для противодействия им нужно непрерывно обновлять наши знания в области кибербезопасности.

Корректно: Решением государственной экзаменационной комиссии мне была присвоена квалификация "тренер по самбо, преподаватель физической культуры и спорта".

Поскольку цитата не представляет собой законченного предложения, тире не требуется: Спорт и закалка «помогает сохранить крепкое здоровье», учит наш тренер. 

В неизменяемых словах нулевое окончание не выделяется — ни в начальной школе, ни в какой-либо иной.

Учитель посчитал такой перенос ошибкой на основании  учебника С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации» (параграф 119, пункт 5).

Возможны два варианта: или называть такие слова исключениями, или все же выделять в них приставку, признавая, что автор словаря несколько поспешил, указав, что процесс сращения приставки и корня уже завершился. Первый вариант плох тем, что исключений получится довольно много, а зубрежка для многих детей прием малоэффективный. При втором подходе нужно разобрать по составу такие слова вместе с детьми, потому что выделение в этих словах приставки связано с определенными трудностями: корень в них не так отчетливо виден, как в словах типа подъехать, съесть.  См. также ответы на вопросы № 290730, 284145.