Выбор написания будет зависеть от того, что называют эти собственные имена, в каком контексте они употребляются. Общая рекомендация такова. Шерегеш и Роза Хутор как названия природных географических объектов или населенных пунктов следует писать без кавычек; если же собственные имена выступают в качестве названия организации, то кавычки нужны. Особый случай — употребление географического названия как части составного наименования. Орфография составного наименования определяется его структурой. 

Представляется, что запятая перед и не нужна. Ее отсутствие подчеркнуло бы стремительность действий: быстро появилась туча и сразу пошел дождь. Первая часть (Но только мы подошли к лесу) вполне может быть осмыслена как общая для второй и третьей. 

Другая интерпретация смысла (Но только мы подошли к лесу, вдруг набежала синяя тучка, и [через некоторое время, потом] из неё посыпался частый крупный дождь) кажется маловероятной. 

Судя по электронному каталогу Российской государственной библиотеки, написание старого названия Новосибирска до переименования не было единообразным: в карточках книг начала ХХ века встречается много и дефисных, и слитных написаний.

Ведущие энциклопедические издания (БСЭ, БРЭ), в которых большое профессиональное внимание уделяли и уделяют орфографии собственных имен, дали старое название города без дефиса — Новониколаевск (см., например, на сайте БРЭ статью Новосибирск и другие статьи). Такую же форму находим в топонимическом словаре Е. М. Поспелова «Географические названия России» (М., 2008).

Таким образом, общая рекомендация — ориентироваться на словарную традицию и писать слитно: Новониколаевск.

Подобные сложные наименования, как правило, остаются несклоняемыми. Только некоторые (наиболее известные) топонимы такого типа подчиняются общему правилу: в пишущихся через дефис иноязычных топонимах склоняется только последний компонент. Вот примеры из «Словаря собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко:

Аньер-сюр-Сен, Аньер-сюр-Сена [сэ] (гор., Франция)

Витри-сюр-Сен [сэ], нескл. (гор., Франция)

Шалон-сюр-Сон, нескл. (гор., Франция)

Камаре-сюр-Мер [рэ, мэ], нескл. (гор., Франция)

Рошфор-сюр-Мер [мэ], нескл. (Рошфор) (гор., Франция)

Трувиль-сюр-Мер, Трувиль-сюр-Мера [мэ] (Трувиль) (гор., Франция)

Конде-сюр-Нуаро [дэ], нескл. (Конде) (гор., Франция)

Общая рекомендация может быть такой: если название малоизвестное и не зафиксированное в словарях, лучше не изменять его по падежам.

В речевой практике сохраняет силу общая рекомендация «правильного» выбора слов: в соответствии с авторским замыслом, с учетом стилистических особенностей текста. В разговорной речи две фразы с глаголом направьте — на адрес электронной почты и по адресу электронной почты — сообщают об одном и том же действии и едва ли различаются какими-либо смысловыми признаками. В официально-деловой речи склонять пишущего к выбору одного из вариантов могут тематические и содержательные свойства текста, а также стандарты оформления, принятые в профессиональной среде. Дублирующее использование указания е-mail (написание Е-mail обычно в начале предложения) не представляется необходимым.

Существительное, стоящее после двух определений-прилагательных, употребляется в форме множественного числа при намерении или необходимости подчеркнуть, что речь идет не об одном, а о нескольких предметах или понятиях. Такова общая рекомендация для конструкций обсуждаемого типа. Практика свидетельствует, что эта грамматическая норма часто применяется в деловой речи. Уточним по словарям русского языка, употребляется ли слово инфраструктура в форме множественного числа. Да, эта форма возможна, но нельзя не обратить внимание на то, что в толковых словарях сведения о ней не представлены. Вероятно, форма множественного числа встречается в специальных, профессиональных текстах. Резюме: учитываем стилистические особенности создаваемого текста, смысловые признаки составляемого предложения, устремления авторского замысла и принимаем окончательное грамматическое решение.  

Действительно, мы нередко определяем род несклоняемого иноязычного существительного по роду русского слова, которое рассматривается как синоним или как родовое наименование для данного неизменяемого существительного. Авеню женского рода, потому что слово улица женского рода, а пенальти мужского рода, потому что здесь влияет род слова (штрафной) удар. Но это скорее исключение, чем правило. Очень часто такая проверка не работает, внешний фонетический облик иноязычного слова оказывается более сильным фактором, и слово приобретает характеристику среднего рода. Среднего – потому что это общая закономерность для русского языка: несклоняемые иноязычные существительные, оканчивающиеся на гласный, обозначающие предмет, относятся к среднему роду. Ср.: пальто, кашне, метро, кафе  и т. д.

Вот и в данном случае решающее значение имеет облик иноязычного слова, а не его русский синоним. Несмотря на то что медресе – это школа, существительное медресе относится к среднему роду. Правильно: старейшее медресе.

Чтобы расставить знаки препинания в первых трех предложениях, эти предложения нужно видеть целиком. Общая рекомендация такая: оборот с производным предлогом (согласно, на основании, в соответствии и под.) обособляется, если требуется обозначить его границы, чтобы предложение не выглядело двусмысленным. Например, запятая нужна в таком предложении: Во избежание неверного понимания фразы директором были внесены изменения в документ. Без запятой непонятно, к какому слову относится слово директор. Запятая избавляет фразу от двусмысленности: Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ или Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ. Если границы оборота понятны без знака, двусмысленность не возникает, то обособлять оборот не нужно.

В последнем случае запятая обязательна, но она ставится не для отделения оборота с предлогом в силу. В предложении необходимо обособить придаточную часть, начинающуюся со слов содержание которой следует рассматривать.

Обособлять определение не нужно.