Это довольно объемный вопрос, на который не получится ответить в режиме "Справочного бюро". Вы можете прочесть об этом, например, в "Справочнике по правописанию и стилистике" Д. Э. Розенталя (раздел "Порядок слов в предложении").
Правильно: паранойей.
С точки зрения системы современного русского языка в слове Смирнов выделяются корень смирнов- и нулевое окончание. С исторической точки зрения в этом слове можно выделить приставку с-, корень мир-, а также суффиксы -н- и -ов- + нулевое окончание.
Корень, суффикс, нулевое окончание: шест-надцать-0, сем-надцать-0.
Знаки препинания расставлены верно: О том, как отразилось в организме новотельных коров вскармливание им в сухостойный период добавки «Танамин Zn», включающей в себя лизин, метионин, хелатное соединение цинка и экстракт древесины сладкого каштана, можно судить по материалам, изложенным в данном разделе.
Запятая перед словом как разделяет части сложного предложения; запятая перед словом изложенным выделяет причастный оборот.
Правильно произношение мис[тэ]р.
Знак в виде буквы, служащий для обозначения сооружений - это литера. Литер - документ, предоставляющий право бесплатного или льготного проезда по железной дороге или на некоторым других видах транспорта (обычно имеющий специальное буквенное обозначение).
Эти слова пишутся строчными буквами.
