Да, получается двойное выделение, лучше выбрать что-то одно. Конечно, предпочтительно строчными в кавычках: от компании «Гарант». Но, если ГАРАНТ (прописными) – официальное зарегистрированное название компании и нужно сохранить именно такое написание, кавычки уже не нужны.
В разговорной речи допустимо: я вас наберу (т. е. наберу ваш номер телефона).
Если речь идёт о живом существе, то Я вижу клона.
Если имеется в виду неодушевлённый предмет (например, сайт-клон или приложение-клон), тогда Я вижу клон.
В первом случае возможно и слитное, и раздельное написание не; в составе конструкций, усиливающих отрицание, не пишется раздельно: Я отнюдь не права.
Тире не нужно. Верно: Я пас.
Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.
Такого правила не существует. Конечно, вариант с запятой после кавычек правилен. Можно предположить, что рецензент вспомнил правила оформления прямой речи, где запятая действительно не ставится после закрывающих кавычек перед словами автора, если прямая речь оканчивается восклицательным знаком. Но это правило касается именно прямой речи, а не любых слов, заключенных в кавычки.
Верно: Я в замешательстве.