Нет, это имя не склоняется.

Лучше поставить вместо тире скобки: Жвачные животные, используемые в сельском хозяйстве (не только коровы, но также овцы, козы, верблюды, свиньи и лошади), ежегодно выпускают в атмосферу почти треть всех антропогенных метановых выбросов.

Выражение гуманное отношение к животным вполне корректно, так как прилагательнео гуманный употреблено здесь в значении "человечный в поступках и отношениях, проникнутый вниманием, уважением к людям, к живым существам".

Допустимы оба варианта. У слов, называющих консервы из некоторых видов морской рыбы, названий употребляемых в пищу морских моллюсков, ракобразных и под., которые не встречаются в Центральной России в живом виде и стали известны сначала как экзотическое блюдо, наблюдается колебание в выборе варианта одушевленности или неодушевленности: есть, заказать устицы - устриц, мидии - мидий, креветки - креветок, крабы, крабов, трепанги - трепангов, омары - омаров, кальмары - кальмаров, улитки - улиток. Но сравните: есть раков, так как они хорошо известны в живом виде.

В специализированной литературе возможно без кавычек, в других случаях лучше взять в кавычки, чтобы обратить внимание читателя на необычное употребление слов.

В словарях русского языка существительное корабль толкуется следующим образом: «крупное морское судно, а также военно-морское судно любого класса» (Словарь русского языка под ред. А. П.  Евгеньевой – МАС); «морское судно (первоначально парусное; сейчас преимущественно о военных судах, а также о многомачтовых парусных судах с прямыми парусами)» (Толковый словарь русского языка С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой). Обратим внимание на формулировки: «а также военно-морское судно»; «преимущественно о военных судах». Но не «исключительно о военных судах». Это означает, что запрета на употребление слова корабль по отношению к гражданским судам нет. «Титаник», безусловно, можно назвать кораблем.

Вы справедливо отмечаете, что одушевленные существительные среднего рода встречаются. Почему эти существительные одушевленные? Это связано с их лексическим значением (т. е. соотнесенностью с "живой природой").

Рекомендация о дублировании знака переноса приводится только в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под редакцией В. В. Лопатина. Это авторитетный источник, ссылка на него достаточно убедительна. Условия дублирования знака переноса в справочнике описаны так: «При переносе может потеряться различие между написаниями слов слитно и через дефис; ср.: военно-/обязанный (пишется военнообязанный) и военно-/морской (пишется военно-морской). Для сохранения различия надо во втором случае повторить дефис в начале перенесенной части: военно-/-морской. Это правило применяется по желанию пишущего».

Из правила следует, что его нужно применять тогда, когда необходимо показывать разницу между дефисными и слитными написаниями. Прием может быть полезен, например, в учебной и справочной литературе.