Согласно рекомендациям справочников, названия республик, имеющие форму женского рода, согласуются со словом республика, если оканчиваются на -ия.

Вы привели разные по сути примеры. В предложении Мы писали сочинение на тему «Как я провёл лето» слово тема обозначает и заголовок сочинения, поэтому формулировка темы заключается в кавычки (обратите внимание, что двоеточие здесь не нужно, «Как я провёл лето» — это приложение к существительному тема). В предложении Автор ставит проблему: какой опыт приобретает молодой человек, служа в армии? формулировка проблемы не требует заключения в кавычки, если это не дословная цитата из анализируемого текста.

Правильно: главнокомандующий русской армией. Слова командующий, главнокомандующий, управляющий, заведующий  и т. п. управляют творительным падежом.

В собственных именах, пришедших в русский язык из итальянского, ударение ставится преимущественно на втором слоге от конца, что, как правило, соответствует ударению в языке-источнике: Перуджа, Палермо, Данте Алигьери, Гвидо, Леонардо, Николо Паганини, Джордано Бруно.

Вероятное ударение в фамилии: Марко Сала.

Все фамилии, кончающиеся на неударное а после согласных, склоняются по первому склонению: Рибера — Риберы, Рибере, Риберу, Риберой, Сенека — Сенеки и т.д.; так же склоняются Кафка, Спиноза, Сметана, Петрарка, Куросава, Глинка, Дейнека, Гулыга, Олеша, Нагнибеда, Окуджава и др. Все такие фамилии, независимо от происхождения, являются морфологически членимыми в русском языке, т. е. в них выделяется окончание -а.

К этой фразе есть сноска: Подразумевается мистер Чарльз Путер, напыщенный и вечно попадающий в нелепые ситуации буржуа, герой комического романа Джорджа Гроссмита (1847–1912) «Дневник ничтожества» (1892).

Порой – наречие, в предложении является обстоятельством (не вводным словом). Выделять запятыми слово порой не нужно.

Слова как отец в этом предложении являются частью сказуемого был как отец (нельзя сказать, что подлежащее – Джордж Смит, а сказуемое – был, это не имеет смысла). Поэтому запятая перед как не нужна.

Слова старший, младший (не перешедшие в разряд прозвищ и являющиеся именами нарицательными) пишутся со строчной буквы и присоединяются дефисом: Иванов-младший, Рокфеллер-младший, Райкин-старший, Райкин-младший, Буш-старший, Буш-младший. Но если слова старший и младший присоединяются не к слову, а к сочетанию слов (т. е. к имени и фамилии), то дефис меняется на тире (дефисное написание с сочетанием слов невозможно): Джордж Буш – старший, Иван Иванов – младший.

Однако в некоторых именах исторических лиц (обычно античных авторов) слова младший и старший пишутся с прописной буквы: Плиний Младший, Катон Старший, Плиний Старший (проверить эти написания несложно: они зафиксированы словарями и энциклопедиями). Старший и Младший здесь – часть имени собственного (ср.: Карл Смелый, Иван Грозный).