Если имеется в виду Совет Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, то его можно назвать верхней палатой (в значении «высшая законодательная инстанция»). Это сочетание содержится в толковых словарях и не требует кавычек.

Сочетание рыбный суп грамотно (оно зафиксировано и словарями русского языка). Наличие в русском языке слова уха не означает запрета на употребление сочетания рыбный суп. К тому же не всякий рыбный суп можно назвать ухой.

Не все отступления от строгой литературной нормы (особенно в рекламных текстах) стоит считать «дурью». Вполне можно назвать это языковой игрой, цели которой — привлечение внимания потребителя, создание позитивного образа бренда и т. д.

Бывшим одноклассником можно назвать такого человека, который в настоящее время учится в другом классе (перешел, переведен в другой класс). По отношению к людям, окончившим школу, такое словоупотребление не вполне верно, хотя и встречается в разговорной речи.

В данном случае слово вовсе как раз подчеркивает утверждение, указывает на высокую степень проявления признака (ср.: совершенно, абсолютно неграмотным). Все-таки не вовсе неграмотным я приехал сюда = когда я приехал сюда, меня нельзя было назвать совершенно неграмотным.

Если принять во внимание внутреннюю форму слов, то рассуждать можно так: назвать (образовано от глагола звать) предполагает именование, тогда как глагол обозначить (восходит к слову знак) указывает на то, что нечто может выступать в качестве знака.

Грибные заболевания -- термин с определенным значением. Если специалисты в области садоводства утверждают, что употребление этого термина в тексте оправданно, следует употреблять именно этот термин.

Это имя может существовать, поскольку правила правописания не распространяются в полной мере на собственные имена (и в частности - на личные имена). Иными словами, родители имеют право назвать ребенка именем Кирил (с одной Л на конце слова).

Значение прилагательного тотальный, от которого образовано наречие тотально, определеяется толковыми словарями так: «всеобъемлющий, всеобщий». Тотально безграмотный = абсолютно безграмотный, тотально талантливый = во всем талантливый. Конечно, в этих выражениях есть некоторая разговорность, но ошибочными их назвать нельзя.

Словосочетание общая сумма не является тавтологией. Тавтология — это неоправданное соседство однокоренных слов (например, *суммарная сумма). Общей суммой вполне можно назвать сумму предыдущих сумм. Например, суммы чисел 2 и 2 и 3 и 3 дают общую сумму 10.