Предложение неудачно. Если прямая речь вводится словом продолжил, то избыточно пояснение закончил он, и наоборот. Кроме того, если говорится, что первая часть фразы произнесена Васей безразлично, то ожидается, что и вторая имеет ту же интонацию, а эта часть наполнена эмоциями. Правильнее оформить прямую речь как два предложения.
Запятая не нужна.
См. в «Письмовнике».
Ваш вариант постановки знаков соответствует правилам, но с коммуникативной точки зрения вызывает вопросы разрыв прямой речи перед несогласованным определением с крышей, относящимся к существительному дом. Рекомендуется контактная позиция этого определения: «Построй нам дом с крышей, — просили они, — и дай нам тень и прохладу в лето и в зиму тепло».
Возможны два варианта в зависимости от смысла. На сколько означает 'на какое количество граммов или килограммов', а насколько – 'в какой мере'.
В обоих случаях запятая нужна: она ставится между частями сложного предложения.
Корректно: верхушка легких немного, на 1-3 сантиметра, выступает за ключицу.
Если ответить коротко, то это предложный падеж, а если более подробно и точно, то это так называемый местный падеж (локатив) – одно из подзначений предложного падежа. См. ответы на вопросы № 263338 и 264234.
На выходных – разговорно-просторечный вариант, допустимый в непринужденной речи, но не в эфире. Общеупотребительно и нормативно: в выходные.