Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка лосось — одушевленное существительное (во всех значениях). На практике наблюдаются некоторые колебания в тех случаях, когда лосось называет не живую рыбу, а пищу (т. е. в торговых, кулинарных и т. п. контекстах). Но всё же и в этом случае предпочтительно использовать это слово как одушевленное: купить лосося.

Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.

1. Вариативно: ...гасит прегрешения, подобно тому как вода гасит огонь; ...гасит прегрешения подобно тому, как вода гасит огонь.

2. В смысле "стремление - это вера"? Тогда нужно тире.

Как условное наименование музея - "Новая пинакотека", "Старая пинакотека".

Падеж определения к существительному в сочетаниях с числительными два, три, четыре зависит от его позиции в словосочетании и от рода существительного. Если определение стоит перед сочетанием числительного с существительным (но не между этими словами), то оно употребляется в форме именительного падежа множественного числа: за последние три месяца (но: за три последних месяца). Варианты возможны в сочетаниях с прилагательными добрый, полный, целый (ждала целых два месяца — целые два месяца).

Прилагательное, стоящее между числительным и существительным мужского или среднего рода, выступает в форме родительного падежа множественного числа: два разбитых ящика, три двухэтажных здания. При именах существительных женского рода прилагательные-определения могут употребляться как в форме именительного-винительного, так и в форме родительного падежа множественного числа: три столовые ложки — две оригинальных статьи и т. п. Более употребительна первая форма.

Корректно: Серым выделены три квадрата, соответствующих числам 3, 4 и 5.

«Объяснительный русский орфографический словарь-справочник» (Ин-т русского языка им. В. В. Виноградова РАН; Е. В. Бешенкова и др. М., 2015) сообщает о сочетании (в)глубь следующее:

вглубь 1) пишется слитно как наречие от существительного (глубь), принадлежащего к закрытому ряду слов с простран­ственным или временным значением (распростра­ниться вглубь и вширь, проблему не решили, а загнали вглубь); 2) закрепившееся слитное написа­ние предлога (зверь забился вглубь норы). ◊ Не путать с сочетанием предлога и существительного, управляющего другим существительным, напр.: в глубь океана; в глубь веков; в глубь души; вникать в глубь, в суть проблемы; в глубь времён; вышел из распахнутых в глубь дома дверей. Поскольку в современном языке дан­ный предлог находится еще в стадии формирования, то разница между сочетанием с предлогом вглубь дома и сочетанием существительных в глубь океана трудно уловима, поэтому в данных сочетаниях вполне возможно вариативное написание. (Статья приведена с некоторыми сокращениями.)

В предложении Настоящий геолог проникает (в)глубь Земли слово глубь вполне соответствует значению, зафиксированному в «Большом толковом словаре русского языка» (под ред. С. А. Кузнецова), – ‘место или пространство, расположенное на большом расстоянии от поверхности земли или воды’. Поэтому в данном случае более обоснованным представляется раздельное написание.

Можно было бы подумать, что Замятин выдумал эти слова. Но это не так. Они имеют диалектные корни. Слово рукомесло ‘ремесло’ хорошо известно в диалектах (Словарь русских народных говоров. Т. 35. СПб., 2001. С. 252). Ударение в этом слове на последнем слоге (как и в слове ремесло). Сложнее со словом скробыхалы, обозначающим в тексте вид обуви. В диалектах зафиксированы слова скробать ‘ходить, шаркая ногами’ (ударение на о и на ​​​​​​​а), скроботать ‘производить шум шарканьем ног’ (ударение на последнем слоге), скроботни ‘сапоги из простой кожи’ (ударение на первом слоге), скроботень ‘тот, кто шаркает ногами’ (ударение на первом слоге) (Словарь русских народных говоров. Т. 38. СПб., 2004. С. 145–146). В журнале «Новый мир» (1997, № 10) была опубликована статья А. И. Солженицына о Замятине, где было приведено замятинское слово скробыхалы с ударением на ​​​​​​​ы. Однако такое место ударения, Солженицыным никак не обоснованное, вызывает сомнения. В словаре В. И. Даля приведено слово скробыхать ‘скоблить, драть, чесать, царапать’ с ударением на последнем слоге. Кажется, что замятинские скробыхалы по образованию ближе всего именно к этому глаголу. В таком случае ударение в существительном скробыхалы с большой вероятностью падает на предпоследний слог.

Правильно: преклонить колени (стать на колени). Преклонить и приклонить – разные слова:

Большой толковый словарь

Форма управляемого местоимения при существительном оправдание в словарях не отмечена особо. Наблюдения над речевым материалом позволяют провести параллель с существительным свидетельство: согласно словарю «Управление в русском языке», при выражении зависимого слова существительным оно управляет формой родительного падежа (свидетельство успехов), тогда как при выражении зависимого слова местоимением — формой дательного падежа (свидетельство тому). Соответственно, и для существительного оправдание верным вариантом формы управляемого местоимения будет форма дательного падежа: оправдание чему. Данные Национального корпуса русского языка показывают, что в речевой практике при слове оправдание используется как форма дательного, так и форма родительного падежа местоимения, но в первом случае больше современных примеров.

Предложение построено не вполне корректно, так как слова за долголетний добросовестный труд, заслуги в развитии топливно-энергетического комплекса Кинельского района, внедрение новых технологий, внёсших существенный вклад в совершенствование производства, повышение производительности труда воспринимаются как причина ходатайства, а не причина награды. Это некорректно. Предложение следует перестроить.

Возможный вариант: В связи с профессиональным праздником Днём энергетика ходатайствуем перед Министерством энергетики РФ о поощрении особо отличившихся и внёсших значительный вклад в развитие топливно-энергетического комплекса работников ОАО «Энерго» ведомственными наградами за долголетний добросовестный труд, заслуги в развитии топливно-энергетического комплекса Кинельского района, внедрение новых технологий, внёсших существенный вклад в совершенствование производства, повышение производительности труда.