Корректно: нажатием на ярлык, находящийся на рабочем столе...
Корректно: Проект разработан по чертежу, предоставленному заказчиком.
В Бабьем Яре — рекомендация «Словаря собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко. На практике употребляются оба варианта, в том числе в художественной литературе и публицистике (но в романе Анатолия Кузнецова используется вариант в Бабьем Яре).
Выражение как по команде, выполняющее фукнцию обстоятельства образа действия, фразеологическое, оно синонимично наречию разом и само по себе не требует обособления. Находясь в конечной позиции, оно, как и любой другой второстепенный член, может приобретать характер присоединительной конструкции; смысловым центром предложения в этом случае будут сказуемые обернулись и поклонились, а обстоятельство как по команде будет нести добавочную информацию. Такие конструкции отделяются тире: Ребята обернулись и поклонились — как по команде.
Правильно: Руководителю Агентства по гидротехническим сооружениям Приморского края.
Оба варианта возможны, но лучше в ед. ч.
Возможны варианты пунктуации – в зависимости от контекста и интонации.
Первый вариант предпочтителен.