Такая фамилия склоняется, если принадлежит мужчине: тетрадь Косорика Давида. 

Вариант базилика раньше был единственно верным. Например, в словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» под ред. Р. И. Аванесова и С. И. Ожегова (М., 1959) только базилика. Позднее словари стали фиксировать и ударение базилика. Сейчас в одних словарях русского языка (их большинство) варианты базилика и базилика даны как равноправные, но в некоторых изданиях (особенно адресованных работникам эфира, где речь должна быть образцовой) предпочтение по-прежнему отдается варианту базилика как соответствующему строгой литературной норме.

Таким образом, утверждать, что правильно только базилика, пока еще рано. Да, этот вариант вытесняет прежнее ударение базилика и со временем, скорее всего, станет единственно верным. Но это время еще не пришло.

1. Такое сокращение правильно.

2. Орфографически корректно: врач – травматолог-ортопед.

Современной орфографической норме соответствует написание коммандос. Недавно заимствованные слова в процессе их освоения языком нередко испытывают колебания в написании, поэтому в разных словарях (и даже в разных изданиях одного и того же словаря) можно встретить неодинаковое написание.

Корректно: ...изучался такими исследователями, как О. Г. Сидорская...

Слово мурал уже зафиксировано в академическом орфографическом словаре: мура́л, -а (уличная настенная живопись) и мура́ль, -и (настенная живопись в интерьере) [добавление 2023]; мура́л-а́рт, -а [добавление 2023]. 

Английское mural восходит к латинскому mūrālis, от mūrus 'стена', тогда как муравление — действие по глаголу муравить "спец. глазуровать, покрывать муравой", где мурава "спец. То же, что глазурь", происходит от персидского mūr "эмаль, глазурь". А вот глагол замуровать связан с тем же латинским mūrālis, от mūrus 'стена', хотя попал в русский язык этот корень через посредство польского, где имеется глагол murować (от mur «каменная стена»). 

В слове зеленеет корень зелен-, суффикс -е-, окончание -ет.

Можно обратиться к различным справочникам по делопроизводству. Логика понятна: в тексте договора одна из сторон - именно директор, т. е. важна должность, а не фамилия.

Словари русского языка указывают, что в значении 'кратко сформулированные основные положения доклада, лекции, сообщения и т. п.' обычно употребляется форма множественного числа: тезисы доклада. Можно «вывернуться» следующим образом: По теме диссертации опубликовано 46 работ, из них статей – 25, тезисов докладов – 21.