Если приведенная Вами фраза – часть сложного предложения, присоединяемая союзом в связи с чем (..., в связи с чем прошу Вас...), то запятую надо ставить перед союзом. Если же это самостоятельное предложение, то вместо В связи с чем лучше сказать В связи с этим (нехорошо начинать предложение со слов в связи с чем). Запятые в этом предложении не нужны.

Грамматическая форма глагола — условного наклонения. Грамматические формы глаголов могут использоваться для выражения разных коммуникативных значений. Например, вопрос Не могли ли бы вы закрыть окно? выражает просьбу, хотя буквальный его смысл подразумевает лишь ответ «могу» или «не могу». Кстати, совсем не очевидно то, что фраза пришел бы ты пораньше выражает именно просьбу.

Если речь идет о Сергее Агаджаняне, то можно писать Русский Халк, потому что это сочетание закрепилось как личное прозвище. Однако это не означает, что написание русский Халк ошибочно, оно еще может осознаваться пишущими и употребляться как метафоричный описательный оборот. Кавычки возможны в контекстах, в которых прозвище вводится как цитата, например кавычки допустимы во фразе: получил прозвище «Русский Халк».

Если в документе всего одна сноска, то она оформляется без номера. Это значит, что после слова или фразы, к которым относится сноска, ставится знак сноски (звездочка), а в конце страницы, после последней строки основного текста, ставится знак сноски еще раз, после чего следует текст самой сноски. Например: как писал И. И. Иванов*; * И. И. Иванов – русский физиолог. 

На наш взгляд, и при употреблении в переносном значении целесообразно сохранять прописную букву. Ср. известную фразу: В каждом городе есть свои Черёмушки (=свой микрорайон, застроенный типовыми домами), написание с прописной в данном случае рекомендуется словарями.  Со строчной буквы при переносном употреблении пишутся немногие географические названия: олимп, содом, камчатка, ходынка; традиция употребления таких названий в переносном значении уже достаточно долгая.

Запятыми выделяются конструкции с союзом как, имеющие дополнительное обстоятельственное значение причины. Обороты, в которых союз как заменим на в качестве, обособлять не следует. В Вашем предложении возможны оба прочтения: документирование генерирует... т. к. является начальным этапом учетного процесса и документирование в качестве начального этапа учетного процесса... Решение принимает автор. От знаков препинания будет зависеть смысл фразы.

Фраза построена неудачно. Возможные варианты: Иванов Петр Иванович, родившийся 23.05.1999; Иванов Петр Иванович, 1999 г. р.  Однако следует признать, что формулировка такой-то, 01.01.1990 года рождения... устоялась в канцелярской речи и вошла во многие шаблоны и образцы. В ней возможны варианты пунктуации: либо поставить обе запятые (выделить дату рождения как уточнение), либо убрать оба знака.

Вопрос интересный. Всесторонне аргументированный и четкий ответ на него требует наблюдений над обширным текстовым материалом. Пока же отметим, что в лексическом составе и в грамматической структуре «следующей фразы» в приведенном Вами примере нет ничего, что однозначно указывало бы на определенную интонацию, а следовательно, эта интонация может быть разной, что отражается в разных знаках конца предложения.  

В приведенном Вами контексте прилагательное герметичные может быть понято и как относящееся только к слову пакеты, и как относящееся к обоим словам сочетания пакеты либо мешки. Фраза в скобках (невозможность проникновения кислорода воздуха и предотвращение окисления продукта в процессе хранения) грамматически не согласована ни с одной частью высказывания, поэтому понять, к чему она относится, решительно невозможно.