Запятая нужна, верно: Помимо консультаций я веду научную деятельность в институте МГУ и интересуюсь много чем за пределами своей профессии, прямо как мои клиенты.

В этом предложении союзом и соединены однородные сказуемые занялся и конспектировал, которые относятся к подлежащему я. Союз и передает тесную связь двух ситуаций. Чтобы подчеркнуть тот факт, что ситуации имели место в разное время, вместо союза и можно использовать союз а: Годом позже я занялся стенографией, а в институте уже скорописью конспектировал лекции.

Вы привели разные по сути примеры. В предложении Мы писали сочинение на тему «Как я провёл лето» слово тема обозначает и заголовок сочинения, поэтому формулировка темы заключается в кавычки (обратите внимание, что двоеточие здесь не нужно, «Как я провёл лето» — это приложение к существительному тема). В предложении Автор ставит проблему: какой опыт приобретает молодой человек, служа в армии? формулировка проблемы не требует заключения в кавычки, если это не дословная цитата из анализируемого текста.

Запятая перед союзом и не нужна, но предложение рекомендуется отредактировать, например: Я бы не сказала, что тут что-то сложное и требуется проявление каких-то чудес гибкости.

По правилам оформления прямой речи корректно: Он пытается объяснить ситуацию своему тренеру, но тот просто говорит: «Не волнуйся, сейчас я его подправлю» — и садится в седло.

Сочетание с дозволения N является обстоятельственным оборотом со значением условия (= «если дозволит N»), а такие обороты не требуют обособления. Однако в данном случае сочетание носит характер этикетной формулы, выделяемой с помощью запятой: С дозволения Всевышнего Аллаха, мы приведём изречения из Священного Корана.

Сравним этикетный оборот с вашего позволения, например: С вашего позволения, я расскажу для начала историю жонглера, попавшего в рай… [А. П. Ладинский. Анна Ярославна ― королева Франции (1960)].

Это сложная синтаксическая конструкция с однородными придаточными частями, соединенными союзом и. Запятая между этими частями не ставится: Я не всегда знаю, где они и что с ними происходит.