Оборот с производным (непервообразным) предлогом благодаря может обособляться в зависимости от некоторых условий. Основные из них перечислены в нашем «Справочнике по пунктуации».

Обычно обособляются обороты, которые:

• располагаются между подлежащим и сказуемым: Достаточно надавить пальцем на глазное яблоко, и все реальные предметы – в отличие от галлюцинаций – раздвоятся. А. и Б. Стругацкие, Понедельник начинается в субботу. Левая стена, в противовес правой, отражала концепцию ранней смерти. И. Ефремов, Час быка. И мать, наперекор всем несчастьям, собрала меня, хотя до того никто из нашей деревни в районе не учился. В. Распутин, Уроки французского (...);
• находятся не в начале и не в конце предложения: Ровно в три часа, в соответствии с трудовым законодательством, принес ключи доктор наук Амвросий Амбруазович Выбегалло. А. и Б. Стругацкие, Понедельник начинается в субботу. ...Я заново изучил ситуацию в Праге, которая должна стать – наравне с Веной и альпийским редутом – центром решительной битвы против большевизма. Ю. Семенов, Семнадцать мгновений весны. На первых порах чего только, наряду с похвалами моему художеству, не наслушался я! В. Катаев, Трава забвенья;
• содержат объяснение того, о чем говорится в предложении, и выделяются интонационно: ...Детям, по причине малолетства, не определили никаких должностей, что, впрочем, нисколько не помешало им совершенно облениться… И. Тургенев, Малиновая вода. Кстати, Бим вовсе не представлял, ввиду отсутствия опыта, что по таким задохлым полупетухам никто никогда не отсчитывает время. Г. Троепольский, Белый Бим Черное Ухо.

В приведенном Вами предложении этих условий обособления нет.

Вторая запятая некорректна, так как она разделяет подлежащее и сказуемое.

Запятая здесь отделяет присоединительную конструкцию.

Да, это возможно.

Мы полистали общественно-политическую газету «Покачевский вестник» и убедились в том, что сказуемое в тех предложениях, в которых при топониме отсутствует родовое слово город, употребляется в форме множественного числа: Покачи присоединились к акции; Покачи задают новый формат профилактики; Покачи всегда рады гостям!

В этом случае предпочтительна форма единственного числа сказуемого: Каждое ее слово, каждое движение казалось мне загадкой, которую я жаждал разгадать.

К сожалению, абсолютно правильного подходящего варианта нет. Можно перефразировать: Он подарил ей цветок. Это были анютины глазки.

Поверьте, мы вовсе не игнорируем этот важный вопрос. Пока что он обсуждается Орфографической комиссией РАН. 

Такие конструкции нарушают литературную норму, т. к. глаголы управляют разными падежами: организует что, осуществляет что, контролирует что, но руководит чем. Возможный вариант: организует, осуществляет деятельность органов уголовного преследования, руководит ею и контролирует ее.