Да, логика верная: в названиях, состоящих из родового наименования и наименования, не сочетающегося с ним синтаксически, последнее заключается в кавычки и в нем пишутся с прописной буквы первое (или единственное) слово и собственные имена: арка «Темное королевство», арка «Черная Луна». Если переводить так, что синтаксическая несочетаемость уходит, то уходят и кавычки, сигнализирующие о такой несочетаемости: арка Черной Луны.

В данном случае пунктуация вариативна. Автор может сделать акцент на сочетании как птица, в этом случае синонимичном наречию по-птичьи (см. пункт г) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина), а может поставить на первый план призыв летать (сравним вариант с парцелляцией: Летай! Как птица!), и тогда сочетание как птица окажется обычным сравнительным оборотом, обозначающим уподобление.

"Примерно" соотносится по значению с прилагательным "примерный".

ПРИМЕРНЫЙ, -ая, -ое; -рен, -рна, -рно.
1.
Отличный, образцовый. П. ученик. П-ое поведение. П-ая жена, мать, хозяйка.
2. Книжн.
Служащий примером, назиданием для кого-л. П-ое наказание.
3.
Приблизительный, предварительный. П-ые расчёты. П-ая схема. П-ое направление исследований. Разработать п. план. < Примерно, нареч. Вести себя п. П. наказать. П. рассчитать. Примерность, -и; ж. П. поведения. П. подсчётов.

Конечная позиция оборота с союзом как говорит о том, что он является смысловым центром предложения и имеет значение «в качестве»: И. И. Иванов исключен из списков личного состава сотрудников как погибший при выполнении спецзадания. При другом порядке слов на первый план выходит значение причины: И. И. Иванов, как погибший при выполнении спецзадания, исключен из списков личного состава сотрудников.

Правилен первый вариант. Название города Хива освоено и поэтому в сочетании со словом город склоняется. Ср.: Так наконец мы проникли настолько внутрь города Хивы, что оказались в самой Хиве, той, что является ее красой и славой, той, что является Хивой для всех нехивинцев… (А. Битов. Обоснованная ревность); Устроив Ханом в комнате, Чагатаев ушел наружу и до вечера ходил по городу Хиве... (А. Платонов. Джан).

Инициалы – это графические сокращения имени и отчества. Графическое сокращение означает, что при прочтении слово читается полностью: мы не читаем [и-и-иванов], мы говорим либо просто Иванов, либо Иван Иванович Иванов.

В живой речи имя и отчество практически всегда предшествует фамилии (исключение – бюрократическая, канцелярская речь). Хорошая традиция – перенести этот принцип и в письменную речь.

Естественно, исключением останутся пофамильные алфавитные перечни, в которых фамилия играет организующую роль и предшествует инициалам.

Очень интересный вопрос. Это выражение новое и словарной кодификации не имеет. Очевидно, что оно образовалось по модели долгоживущий. Наличие определения самый дает основание сделать вывод о том, что долгоправящий стало словом, а значит, в таком контексте требует слитного написания. Ср.: Период полураспада самого долгоживущего изотопа плутония ― примерно 75 миллионов лет, а единственного пока изотопа курчатовия ― всего три десятых секунды! (Из журн. «Химия и жизнь» 1968 г.)

В подобного рода списках обычно не требуется выражение тема доклада: сама структура документа говорит о том, что после фамилии и инициалов выступающего следует тема его выступления. При этом имя выступающего следует отделить от темы точкой и выделить тему шрифтом; заключать тему выступления в кавычки при этом не требуется:

Иванов Иван Иванович. Новые принципы мониторинга терапевтических отношений и  эффективности в подходе «Нейроконструктивная терапия»

Задачу, о которой Вы пишете, быстро решить невозможно. Но мы можем перечислить источники, которые используются при определении написания, ударения, грамматических свойств географических названий. Многие из них находятся в открытом доступе в интернете. 

Энциклопедические издания и документы

1. Большая российская энциклопедия.

2. Большая советская энциклопедия (3-е издание).

3. Государственный каталог географических названий.

Лингвистические словари

4. Ресурс «Проверка слова» на нашем портале. Предоставляет доступ к двум словарям, в которых содержатся географические названия: 

а) Агеенко Ф. Л. Словарь собственных имён русского языка. (См. также материалы об ударении, произношении, склонении в словаре);

б) Орфографический словарь. (Словарная база выборочно включает собственные имена, отражая основные их типы. Написание и грамматические признаки не представленного в базе названия часто можно установить по аналогии. Географические названия могут не иметь своей словарной статьи, а помещаться в текст статьи производного прилагательного, напр.: славянский (от славяне и Славянск). См. также ресурс «Академос»).

5. Словари географических названий, перечисленные в разделе «Наша библиотека». (Для словарей, представленных в интернете, даны ссылки).

6. Зализняк А. А. Грамматический словарь русского языка. См. приложение «Имена собственные». (Словарь содержит небольшой список географических названий, но позволяет по аналогии устанавливать грамматические признаки не представленных в нем слов.)

7. Словарь географических названий Украинской ССР. М., 1976. (Есть в РГБ.)

8. Штудинер М. А. Словарь трудностей русского языка для работников СМИ. Ударение, произношение, грамматические формы. (Словарь небольшой, но некоторые географические названия в нем есть.)

Грамматические источники

9. Раздел «Письмовника» «Как склонять географические названия?».

10. Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Словарь грамматических вариантов русского языка. 3-е изд., стер. М., 2008.