Управление такое же, как и у глагола наблюдать: наблюдать за температурой (=следить, мониторить); наблюдать температуру (=видеть, отмечать).

Название дисциплины физика в кавычки заключать не нужно. Чтобы понять, необходимо ли двоеточие, нужно видеть все предложение. 

Если в заголовок архивного дела нельзя вносить редакторскую правку, то Ваш вариант пунктуационного оформления заголовка представляется оптимальным.

Хотелось бы видеть предложение целиком, покольку на первый взгляд кажется, что разумнее вообще обойтись без слова препарат.  

Такое слово можно в принципе образовать. Какой смысл Вы хотите в него вложить и в каком контексте использовать?

Вводное слово например выделяется запятыми, если не вводит присоединительную конструкцию и не стоит в начале обособленного оборота. Запятая нужна.

Правильно: Кондиционеры в Москве, в том числе промышленные кондиционеры. Союз в том числе вводит присоединительный оборот, выделяемый знаками препинания.

В практике письма последних двух десятилетий преодолено требование «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 года писать со строчной буквы многие названия, связанные с религией (такое правило в 1956 году было обусловлено идеологическими причинами). Сейчас слова Бог, Господь, Богородица и т. п. рекомендуется писать с большой буквы. При этом дело не в религиозной позиции пишущего (она может быть любой), а в том, что слова Бог, Господь, Богородица, Аллах и т. п. – индивидуальные названия, являющиеся фактически собственными именами.

Итак, сейчас во всех текстах (религиозных и нерелигиозных) рекомендуется писать: Бог, если имеется в виду единое верховное существо в монотеистических религиях. В формах множественного числа, а также в значении одного из множества богов или в переносном значении слово бог пишется со строчной: боги Олимпа, бог Аполлон, бог войны.

C прописной буквы рекомендуется писать и прилагательные, образованные от слова Бог: Божий, Божественный. В переносном значении употребляется только строчная буква: божественный вкус, бабушка божий одуванчик.

В устойчивых сочетаниях, употребляющихся в разговорной речи вне прямой связи с религией следует писать слово бог (а также господь) только со строчной буквы. Вне зависимости от религиозной позиции пишущего ошибкой будет написание ей-Богу. Также невозможна прописная буква в таком контексте: у него все не слава богу.

Чтобы расставлять знаки препинания нужно видеть все предложение. О пунктуации при обороте такой(,) как можно прочитать в «Справочнике по пунктуации».