Да, эти выражения плеонастичны. Но не следует думать, что плеоназм всегда является ошибкой, — иногда он становится средством выразительности.

См., например, в «Словаре литературоведческих терминов» С. П. Белокуровой:
ПЛЕОНАЗМ — (от греч. pleonasmos — излишество) — разновидность речевой избыточности: повторение в тексте близких по смыслу и потому ненужных слов и оборотов речи, употребление лишних обстоятельств или определений (предчувствовать заранее, повседневная обыденность). В художественном тексте — стилистическая фигура, средство усиления выразительности речи, например: И мы плывем, пылающею бездной // Со всех сторон окружены (Ф. И. Тютчев). Употребление экспрессивно окрашенных плеонастических сочетаний характерно для фольклора (грусть-тоска, путь-дороженька, море-окиян).

Ответ о словарной фиксации только лишь слова упорядочение был дан в 2014 году. С тех пор нормативные словари пополнились существительным упорядочивание. 

Слово богорадничать не зафиксировано в толковых и этимологических словарях русского языка.

Синонимический ряд богорадить, богарадствовать (тамб.), богоугодствовать, богарадничать, проживать Христа ради включен В. И. Далем в «Толковый словарь живого великорусского языка». Региональная диалектная помета (тамб.) есть только у слова богарадствовать, поэтому мы не располагаем сведениями о региональной принадлежности этих слов. Отсутствие лексикографической системности и последовательности при сборе и подаче материала является отличительной чертой словаря Даля, созданного языковедом-любителем.

Поэтому предложить полностью корректное описание способа образования слова богарадничать не представляется возможным. Можно предположить, что это слово, если оно действительно употреблялось в каких-либо регионах, образовано на основе сращения в сочетании с суффиксацией, ср.: христарад-нича-ть.

Это просто рекомендации. Их можно найти, например, в авторитетном "Справочнике издателя и автора" А. Э. Мильчина.

Предлагаем вариант: Мы ценим долгосрочное и плодотворное сотрудничество, главными условиями которого считаем надежность партнеров и выполнение обязательств.

Запятая не нужна: Жирная рыба, например лосось, богата полезными веществами. Здесь необходимо руководствоваться следующим правилом: если вводное слово стоит в начале или в конце обособленного оборота, то никаким знаком от оборота оно не отделяется.

В предложении «Вы сама понимаете, о чём говорите?» допущена ошибка.
Правильно: Вы сами понимаете, о чём говорите?

Сочетающиеся с вы глаголы и краткие формы прилагательных выступают в форме мн. ч., а существительные и полные формы прилагательных — ед. ч.