Это сложноподчиненное предложение.
Чтобы ответить на Ваш вопрос, нужно знать предложение целиком.
Грамматически правилен второй вариант. Если речь идет о договоре между учреждением и И. И. Ивановым, то вторая запятая не нужна, или, если предложение продолжается, она должна стоять после И. И.: Договор, заключенный учреждением с ИП Ивановым И. И., был передан...
Мы не выполняем домашние задания.
Ударение на последнем слоге: эффект боке.
На наш взгляд, следует склонять: принято решение о допуске ИП Строганова А.М... В случае несклонения мы должны заключить фамилию и инициалы в кавычки: принято решение о допуске ИП «Строганов А.М.»... (т. е. Строганов А. М. фактически будет условным названием организации, выступающим в сочетании с родовым словом ср.: ОАО «Газпром»), но вряд ли такое употребление кавычек оправданно.
Союз а также в этой ситуации избыточен.
Оба варианта возможны.
Эта аббревиатура не склоняется.