Для Вашего случая рекомендаций в правилах орфографии и пунктуации нет. Справочники для издателей рекомендуют иностранные названия передавать средствами русской графики — транскрибировать, транслитерировать или переводить. Однако, на наш взгляд, в тексте программы по иностранному языку, адресованной исключительно специалистам, возможно написание тем на соответствующем иностранном языке. Если адресат программы шире, то название можно дублировать: давать и на иностранном языке, и в переводе. Обычно названия, набранные латиницей, кавычками не выделяются, так как латиница — достаточно сильное средство выделения в кириллическом тексте. Полагаем, что исключение могут составить те случаи, когда без кавычек границы названия неясны и когда нужно оформление названий сделать единообразным.

Названия учебных дисциплин и курсов логично относить к ряду, включающему названия документов, научных произведений и т. п. и записывать соответствующим образом: «Практический русский язык», «Стилистика русского языка» и т. д.

Более уместно единственное число существительного проблема, потому что заболевания, их диагностика и терапия образуют комплексное явление. Пояснительная конструкция в конце предложения отделяется тире.

Слова ученый совет пишутся строчными.

Несогласованное определение вроде диких кабанов и джунглевых кур обособляется, поскольку определяемое слово животных имеет впереди стоящее согласованное определение диких.

Здесь необходимо тире. 

По общему правилу инициальные аббревиатуры пишутся прописными: ВАК, ПТУРС. Исключения единичны, в их числе как раз слово вуз, а также дот, дзот; возможно написание строчными аббревиатуры загс (при наличии и варианта ЗАГС). Написание таких аббревиатур строчными связано с многолетней традицией их употребления.

Обе позиции имеют право на существование. Лингвистика – это наука, в ней, как и в любой другой науке, существуют до конца не решенные вопросы, присутствуют разные точки зрения, ведутся острые дискуссии по некоторым вопросам.

Да, в официально-деловых документах допускается сокращение слова «имени» до «им.».