Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Из всех многочисленных значений слова а, фиксируемых словарями, ближе всего к значению, которое имеет это слово в приведенном контексте, находится значение междометия, выражающего решимость с оттенком досады, отчаяния (см. значение 4 в словарной статье слова а — междометия). В данном случае досады и отчаяния не наблюдается, однако выражена решимость говорящего «отменить» только что сказанное, то есть, так или иначе, некая эмоция. Следовательно, перед нами междометие, а междометия выделяются знаками препинания. Таким образом, запятая после а вполне уместна. 

С точки зрения синтаксиса часть, которая начинается с это, занимает позицию именной части составного именного сказуемого. Вместе с тем после это идёт, очевидно, некая цитата. Учтём, что подлинные выражения, вставленные в текст в качестве элементов предложения, выделяются кавычками, но двоеточие перед ними не ставится (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, примечание к параграфу 50). Вполне можно допустить, что это действительно кем-то написанное (например, в рабочей переписке) высказывание. Впрочем, маловероятно, что часть, начинающаяся с А, нет, является частью того же сообщения. Более естественно было бы считать, что она отправлена отдельным сообщением, вслед первому. Можно допустить и другое: что это запись чьего-то устного высказывания. В таком случае мы можем не сохранять пунктуацию источника и оформить высказывание, корректно разделив его на предложения: Русская пунктуация — это «Здравствуйте, Мария! Ответьте, пожалуйста, Андрею: там, кажется, вопрос, который, очевидно, не решен... А, нет, решен, отбой». 

Определения мрачный и пустынный в общем случае характеризуют берег с разных сторон: мрачный говорит о производимом им гнетущем впечатлении, пустынный — об отсутствии на нём людей, животных, растений. Следовательно, запятая между ними не нужна. Другое дело, что второй из этих признаков тоже может производить гнетущее впечатление. Если требуется подчеркнуть это в художественном тексте, то определения можно счесть однородными и поставить между ними запятую.

Конструкция с 150 до 225 единиц является пояснительной по отношению к сочетанию более чем на 41 процент. Пояснительные конструкции выделяются парными знаками — обычно запятыми или тире. Следовательно, возможны такие варианты: 1) Благодаря инструментам бережливого производства предприятию удалось сократить время изготовления продукции более чем на 41 процент, с 150 до 225 единиц, и увеличить выработку на 48 процентов; 2) Благодаря инструментам бережливого производства предприятию удалось сократить время изготовления продукции более чем на 41 процент — с 150 до 225 единиц — и увеличить выработку на 48 процентов.

В предложении есть сравнение: сегодняшняя ситуация с приемом друзей у себя дома сравнивается с тем, что бывало когда-либо. Следовательно, запятая нужна: Принимать друзей у себя дома проще, чем когда-либо. Сравним неразложимое сочетание с союзом чем: Мы примем друзей у себя дома не раньше чем на следующей неделе (=не раньше следующей недели).

В этом предложении следует использовать оборот не представляется возможным. Выбор глагола представляться обусловлен смыслом предложения: как представляют себе ситуацию авторы текста, возможность выполнить обсуждаемое действие отсутствует. Выражения предоставлять возможность, не предоставляется возможности синонимичны оборотам дать возможность, не дается возможности, а следовательно, подразумевается совершенно иная по своей сути ситуация (вполне вероятно, такая, когда кто-то в состоянии содействовать организации нужной работы).

Действительно, оборот с производным предлогом согласно может быть обособлен. Обособление предполагает выделение оборота с двух сторон, следовательно, вторая запятая нужна. 

В пункте 6 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.) в ряду единиц, отменяющих тире между подлежащим и сказуемым-существительным, упомянуты вводное слово, обстоятельство, дополнение, союз и частица. Обособленных поясняющих приложений в этом ряду нет, следовательно, в Вашем случае тире сохраняется.

Предложение без авторских пояснений может стать предметом кривотолков. «Кривотолками» здесь назовем неоднозначные толкования смысла и противоречивые суждения о грамматическом своеобразии предложения. По версии автора, фраза картина откликнулась мне может обозначить его личное отношение к картине. Но если принять во внимание то обстоятельство, что обсуждается употребление возвратного глагола в измененном, переносном значении, то не избежать и такого поворота: речь идет о свойствах самой картины, а следовательно, дополнение мне и обстоятельство больше всего логично использовать вместе с глаголом нравится.

При описании словообразовательной семантики морфем о- и об- в глагольных дериватах, образованных от существительных, обычно характеризуют типовые соотношения понятий «действие» и «предмет». Глагол облокотить, если в подобной обобщенной форме определять его смысловые признаки, обозначает действие, выполненное тем, что названо мотивирующим существительным.