Пишется слитно (краткие прилагательные с НЕ пишутся так же, как и полные: неподвластный).

Обстоятельственные обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: Различие в подходах, с учетом представленной концепции законопроекта, требует тщательного анализа и...

Оба варианта возможны.

Способ словообразования устанавливается на основе анализа словообразовательной пары путем сравнения производной и производящей основ. При этом учитывается значение словообразовательных средств и регулярность их использования при образовании слов по определенной словообразовательной модели.

Вся словообразовательная цепочка, приводящая к образованию производного слова, учитывается при морфемном анализе, а не при установлении способа словообразования.

Глагол истолковать образован от глагола толковать приставочным способом. Приставка из-/ис- вносит значение ‘совершить (довести до результата) действие, названное производящим глаголом’, ср.: мерить → измерить, лечить → излечить, жарить → изжарить, уродовать → изуродовать, купать → искупать и т. п.

Если внутри слов, заключенных в кавычки, встречаются другие слова, в свою очередь заключенные в кавычки, рекомендуется (при условии, что для этого есть технические возможности) использовать кавычки разного рисунка: внешние – «елочки», внутренние – „лапки“ (или – в текстах, набранных на компьютере, – "компьютерные кавычки") . Если же такой возможности нет, то закрывающие кавычки ставятся только один раз: «Проектирование модуля анализа продаж информационной системы книжного интернет-магазина на примере ООО „Читай-Город“»; «Проектирование модуля анализа продаж информационной системы книжного интернет-магазина на примере ООО «Читай-Город». Подробнее об употреблении кавычек можно прочитать в «Письмовнике».

Этот пункт можно оформить так:

- провести анализ (какого уровня были контакты?);
- проанализировать...

Слово однако в этом предложении вводное. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».

Анализ начинается с того, что вы задаёте себе вопрос «почему».

Анализ начинается с того, что вы задаёте себе вопрос: «Почему?»

Этот вариант написания неверен. Во всех возможных значениях правильно: дифференцировать.