Корректно: Правопреемник или иное предусмотренное федеральным законом лицо представляет в лицензирующий орган...

Правильно: кедровые орехи.

Правильно: вопреки (чему?) мнению.

С лингвистической точки зрения все три оборота имеют право на существование.

Согласно словарным толкованиям союз а также употребляется для присоединения последнего слова или словосочетания в ряду двух и более единиц, обозначающих однородные в определённом отношении предметы, признаки, действия и т. п., и, указывая на полную завершённость перечисления, акцентирует, выделяет, придаёт добавочный характер последнему члену ряда. Таким образом, предложение "Приём осуществляется в представительстве управляющей организации лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа управляющей организации, а также иными уполномоченными лицами" следует понимать так: приём осуществляется или лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа, или иными уполномоченными лицами. 

Правильно: два или более органа. Например: Система — это два или более связанных между собой органа со сходными функциями.

Изначально гражданский брак – брак, оформленный в органах государственной власти без участия церкви (в противоположность церковному браку – бракосочетанию, заключенному в церкви в соответствии с религиозным обрядом). Иными словами, гражданским браком правильно называть союз мужчины и женщины, оформленный в установленном законом порядке – через органы ЗАГС (но без религиозного обряда).

Однако в современном русском языке сочетание гражданский брак получило новое значение (уже зафиксированное словарями): «не оформленный официально союз мужчины и женщины», т. е. оно выступает как синоним (своего рода эвфемизм) понятий фактический брак, сожительство.

Заглавная и прописная буква – это одно и то же (большая буква). Маленькая буква называется строчная.

Слово храм 'архитектурное сооружение' пишется со строчной, например: храм Всех Святых, храм Христа Спасителя. Прописная буква – в таком контексте: орден рыцарей Храма.

Слово государственный пишется с прописной буквы, если является первым словом в названии органов власти, учреждений, организаций, научных, учебных, зрелищных заведений; наград, символов и т. п, например: Государственная Дума, Государственная Третьяковская галерея, Государственный фонд кинофильмов РФ, Государственный институт русского языка им. А. С. Пушкина, Государственный флаг РФ (в офиц. текстах), Государственная премия. В остальных случаях правильно написание со строчной, например: Единый государственный экзамен, Московский государственный лингвистический университет, государственное унитарное предприятие, органы государственной власти.