Запятая не нужна, верен первый вариант.
Оба варианта нельзя признать корректными, но второй ближе к правильному. Возможный вариант: Цель правил — способствовать эффективной организации труда.
Дополнительные знаки препинания не требуются.
Термин внучатые организации не употребляется. Выражение может быть использовано как авторское (окказиональное) в соответствующем (возможно, ироническом) контексте.
В официальной речи предпочтительно употребление такого названия с родовым словом. В этом случае оно склоняться не будет: связаться с компанией «Тюмень Водоканал».
Корректно: Ответственными за организацию работы по курируемым направлениям.
Корректно: согласие дает организация либо (в случае ЧП) ведомство.
Лучше: в метрополитене. Вариант на метрополитене поддерживается сильной аналогией с сочетанием на железной дороге.