Обороты с предлогом подобно, как и другие сравнительные обороты, по общему правилу обособляются.

В современном русском письме такие написания не приняты. Корректно писать просто город Москва. Обозначить в документе тождество развернутого и краткого наименования можно с помощью конструкции: город федерального значения, административный центр Центрального федерального округа и центр Московской ...Москва (далее — город Москва).

Языковых ошибок нет. Указание на местоположение вызывает вопросы, но с ними лучше обратиться к историкам и географам. Сейчас Черкесск — столица Карачаево-Черкесской Республики, но раньше этот город входил в Карачаево-Черкесский автономный округ Ставропольского края. Саров расположен в административных границах Нижегородской области.

Орфографически корректно Зелик, так как гласная перед к не является беглой. Ср. со словом телик.

Недостает запятой перед словом только, которое стоит перед подчинительным союзом когда. Если в сложноподчиненном предложении перед простым подчинительным союзом стоят усилительно-ограничительные слова (частицы, союзы или их сочетания, вводные слова) особенно, даже, в частности, в том числе, в особенности, а именно, а также, а (но ) только, как раз, лишь, исключительно, только и др., то запятая ставится перед ними, а не перед союзом, например: Неповторим Ярославль, ни с каким городом не спутаешь его,  особенно когда  увидишь город с Волги (М. Рапов); Хорошо отдохнуть летом в деревне, в частности если год урожайный на грибы, ягоды; Он приехал вовремя, как раз когда  должны были начаться занятия; Перед ними предстал овраг, лишь когда  рассеялся туман; Он приехал в Москву, исключительно чтобы попасть в Большой театр.

Оборот город Санкт-Петербург можно выделить запятыми, а можно поставить перед ним тире.

Запятая не нужна, достаточно тире.

Приставка недо... пишется слитно. Орфографически верно: недокоммунист, недогород, недокнига.

Принцип тот же: термины типа холм, ручей, озеро, село, деревня пишутся со строчной буквы, если относятся к объектам, соответствующим их языковому значению, и пишутся с прописной, если становятся частью названия, обозначая иные, не соответствующие их значению объекты, ср.: Кузнецкий мост и улица Кузнецкий Мост, Большое озеро и деревня Большое Озеро, Красное село и город Царское Село, гора Высокая и деревня Гора Услань. Есть редкие случаи, когда термин, сохраняя свое значение, становится частью официального названия, например в России довольно много деревень, называющихся Новая Деревня. Подробнее см. в правилах употребления прописных и строчных букв в географических названиях. 

При наличии слова город название не склоняется: в городе Шебекино, в городе Домодедово. Если слова город нет, возможны варианты: в Шебекине, в Домодедове (предпочтительно) и в Шебекино, в Домодедово (допустимо).