Всё верно, ошибки нет.
Верно с ударением на окончании.
Здесь все зависит от того, с какой глагольной формой связано обстоятельственное сочетание в целях оптимизации кадровой структуры Департамента. Если оно связано с деепричастием руководствуясь, то запятая нужна, чтобы закрыть причастный оборот. Если с причастием утвержденного — запятая не нужна, поскольку в этом случае сочетание входит в причастный оборот. Если же указанное сочетание связано с глаголом внести (изменения), то нужно изменить порядок слов: В целях оптимизации кадровой структуры Департамента, руководствуясь пунктом 25 Положения о Департаменте, утвержденного постановлением Администрации от 08.12.2024 № 25, внести изменения...
Запятую ставить не нужно.
Обособлять слова в целях однозначного толкования можно обособить, но это необязательно.
В подобного рода терминологических сочетаниях, представляющих собой внутренне связанные перечисления предметов, используется единственное число существительного: в верхней, средней и нижней трети плеча.
Да, знаки препинания расставлены корректно. Предложение построено по схеме «что — кому», в нем ставится тире.
Запятая ставится.
См. в «Письмовнике».