Условные названия тайфунов, ураганов, торнадо и пр. корректно писать в кавычках: ураган «Катрина».
Правильно: по Москве, по г. Москве.
Названия лекарств, не являющиеся товарными знаками, пишутся строчными буквами без кавычек. Эта же рекомендация относится к разговорно-бытовым названиям лекарственных препаратов. Верно написание: аспирин, анальгин.
Правильно: история Древнего мира, история Средних веков.
Экле́р - от фр. éclair — молния.
Корректно написание флеш.
По правилам орфографии написан третий вариант. Обратите внимание: кавычки в названии возможны только в том случае, если название стоит после родового слова, с которым не согласуется.
Этот топоним освоен русским языком, поэтому без родового слова он может склоняться. Подробнее о склонении названий на -ово рассказано в «Письмовнике».
Если заведующий один и у него много заместителей, то правильно: заместители заведующего. Если заведующие разные, то корректно: заместители заведующих.
Если нет слова озеро, название склоняется: на берегах Иссык-Куля.