Вы имеете в виду программу проверки правописания, встроенную в Microsoft Word? Всецело доверять ей не стоит. Программа хороша для выявления описок, опечаток, которые трудно заметить при чтении текста с экрана, но, если речь идет о пунктуации или грамматике, особо полагаться на нее не следует.

Прилагательное стоимостной создано в соответствии с нормами (правилами) русского словообразования. Разнообразие словообразовательных средств русского языка приводит к появлению производных слов, выступающих по отношению друг к другу в качестве словообразовательных вариантов. В лексике современного русского языка сосуществуют словообразовательные варианты типа плоскостной и плоскостный, прочностной и прочностный, двуполостной и двуполостный (от полость), что нередко обусловлено терминологическими особенностями профессиональных языков. Варианты производных слов могут быть зафиксированы в словарях русского языка. В частности, названные выше варианты прилагательных приводятся в словарях в виде пары. Однако лексикографическая фиксация может осуществляться разными словарными изданиями и в разное время. Случай со словообразовательными вариантами стоимостный и стоимостной служит наглядным примером разновременной словарной фиксации. Словарные пометы также указывают на то, что производное стоимостной восходит к слову стоимость в значении 'общественный труд, затраченный на производство товара и овеществлённый в этом товаре' (не в значении 'выраженная в деньгах ценность чего-либо или величина затрат на что-либо').

Верно, еще один вариант возможен, в ответе он просто был упущен из виду.

В словарях русских фразеологизмов зафиксировано лишь сочетание беречь/хранить как зеницу ока. Очевидно, в Вашем случае — обычный сравнительный оборот, требующий выделения запятыми.

В «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» (Розенталь Д.  Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П.) указано следующее. При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре (а также от составных числительных, оканчивающихся на указанные цифры), определение, находящееся между числительным и существительным, ставится, как правило, в форме именительного (или совпадающего с ним винительного при неодушевленных существительных) падежа множественного числа.

Как мы видим, это не строгая рекомендация, но и для правки не было оснований.

Запятая перед как не требуется именно потому, что после придаточного предложения следует соотносящееся с как местоимение так.

Запятая перед не ниже не требуется, поскольку определение не ниже указанной в калькуляции несет основной смысл сообщения.

Запятую перед пока лучше поставить. Форма сиденьями верна.

Да, всё верно.