Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот.
В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.
В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина по поводу оборотов с предлогом кроме сказано следующее: «Оборот с предлогом кроме имеет два значения: а) одно совпадает со значением слов за исключением, т. е. имеет значение исключения из ряда подобных предметов: На всех берегах залива на протяжении сотен верст мною не было встречено ни одного человека, и, кроме горчайшей полыни и сухого бурьяна, я не сорвал ни одной травинки (Пауст.); Вершинин отправил луговиков в институт, всех, кроме Свиридовой, — ее он включил в высокогорный отряд (Зал.); б) другое — это обозначение включения в ряд подобных предметов: У Бунина, кроме блестящих, совершенно классических рассказов, есть необычайные по чистоте рисунки (Пауст.); Я слышал, кроме гудения мотора, еще несколько звуков (Пауст.).
В настоящее время различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. Однако в прошлом обороты со значением включения знаками препинания не выделялись. Ср.: Кроме учителей на собрание пришли и ученики. — Кроме учителей, на собрание никто не пришел».
В соответствии с рекомендацией справочника в Вашем случае обособление нужно.
Запятая перед "прошу" ставится, как и перед словом "подведомственных".
Слово выполнение подобрано неверно. Нельзя выполнить ни индикаторы, ни показатели.
Правила обособления дополнений, обстоятельств, выраженных существительными с предлогами, относятся к тем пунктуационным правилам, которые подчеркивают смысловые взаимоотношения частей предложения-высказывания. Поскольку смысловые оттенки речи могут быть разнообразными, то и знаки, ориентированные на их передачу, допускают вариантность. Именно поэтому не приходится говорить о жесткой обязательности выделения / невыделения запятыми тех или иных оборотов. Слово «обычно» подчеркивает, что в большинстве контекстов оборот с предлогом кроме выделяется запятыми. Но можно предположить, что в каких-то ситуациях запятые будет лишними, помешают автору выразить свою мысль.
Запятая в таком обороте не ставится, т. к. он не содержит сравнения.
Корректно: Расплатой за воровство становятся травмы, как правило несовместимые с жизнью.
