1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

Действительно, это выражение может быть не всем понятно, мы рекомендуем заменить его. Если все же Вы решите его оставить, лучше написать в кавычках в два слова: проводить работы "на живую".

Подобные гибриды письменную речь не красят. По сравнению с таким написанием постоянное повторение сочетания менеджер по продажам представляется меньшим злом.

В данном случае ясно, что определение относится к обоим существительным, поэтому используется форма единственного числа: С заботой о вашей молодости и красоте.

Верно: тканое бумажное сердце (поскольку у тканое нет зависимых слов).

С прописной пишется первое слово и Россия: Федерация рестораторов и отельеров России.

В таких случаях ставится только запятая: Люди забывают пример человека, который обратился с просьбой к Иисусу: "Если хочешь, можешь меня очистить", предоставляя Ему самому решить это. И тогда Иисус произнес: "Хочу, очистись", после чего проказа пропала.

Да, точка ставится после закрывающих кавычек, если перед ними она употреблена в качестве знака, обозначающего сокращение слова.

Да, Вы правы по обоим случаям.

Тем не менее это прямая речь, в словах автора есть глагол высказывания написала. Поэтому следует использовать кавычки, запятую и тире, как в Вашем примере.