Глубокоуважаемый коллега! Видимо, Вы не совсем правильно поняли наши ответы. Никакого противоречия, о котором Вы пишете, в них нет, так как «полумягкие» (они же, по-научному, невеляризованные согласные) являются, как было сказано в одном из наших писем, реализациями (аллофонами) соответствующих твердых фонем (твердых!!!). Как преподаватель русского языка Вы наверняка имеете некоторое представление о такой лингвистической единице, как фонема, и о таком понятии,  как аллофон. Твердые согласные фонемы могут иметь веляризованные (перед гласными и перед твердыми согласными) и невеляризованные (перед мягкими согласными) реализации. И веляризованные и невеляризованные («полумягкие») согласные являются в русском языке аллофонами твердых фонем.

В наших ответах мы ограничились минимальным, но достаточным числом типовых примеров для иллюстрации наших положений. В результате Вы совершенно верно поняли, что согласно младшей норме во всех приведенных Вами примерах (снег, затмить, обмен и др.), согласный, стоящий перед мягким, представляет собой твердую фонему, которая автоматически реализуется без веляризации, т. е. невеляризованным (= «полумягким») аллофоном твердой фонемы. Это общее орфоэпическое (точнее – орфофоническое) правило, которое проводится последовательно, т.е. распространяется на все, а не только на отдельные слова. Мало того, неискушенному носителю языка сложно проконтролировать различие между веляризованными и невеляризованными (= «полумягкими») вариациями твердых фонем, например между веляризованным [б] в слове обман и невеляризованным, т. е. «полумягким», [б] в слове обмен.  

Очень приятно было пообщаться с Вами на фонетические темы, но на этом наша переписка о проблеме «полумягких согласных» в русском языке должна завершиться. Больше мы, к сожалению, ничем не сможем Вам помочь.

Приставочный глагол поднять (в зн.: ‘нагнувшись, взять с земли, пола’, ‘переместить выше’, ‘сделать более высоким’) был образован от ныне вышедшего из употребления глагола я-ти (в зн.: ‘брать’) с помощью приставки под- со значением ‘низ’ (см. «Этимологический словарь русского языка» Г. П. Цыганенко); ср. с однокоренным глаголом вз-я-ть (приставка вз-). Звук н появился под влиянием аналогии с корнем -ня- в глаголах, в которых корень такого вида возник в результате переразложения приставок и корня в глаголах с-ня-ть, в-ня-ть и т. п., первоначально имевших приставки сън-, вън- и корень -я-. Таким образом, первый этимологический корень ― это корень -я-, который преобразовался в результате переразложения морфем в -ня-.

Корень -ня- в современном языке является связанным (не употребляется самостоятельно, без других словообразовательных морфем). Этот корень выделяется при собственно морфемном анализе слова (разборе слова по составу), см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой.

При синхроническом словообразовательном анализе, задачей которого является не выделение корня, а установление отношений производности между словами в современном языке, подня- рассматривается как нечленимая непроизводная основа, см. «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова. Непроизводность основы на синхроническом уровне считается следствием утраты семантических связей с этимологически однокоренными словами и изменение значения приставки. Однако многозначная глагольная приставка под- сохраняет в современном языке в качестве одного из значений указание на направленность действия снизу вверх, ср.: под-бросить, под-прыгнуть и др., поэтому даже по этой причине вопрос о словообразовательной непроизводности глагола поднять является спорным.

Если в тексте перемежается внешняя речь (обращенная к собеседнику) и внутренняя (подумал про себя), то внешняя речь оформляется при помощи абзацного выделения, а внутренняя — при помощи кавычек. При этом прямая речь с кавычками оформляется по общим правилам:

• если прямая речь заканчивается точкой, точка ставится после кавычек;
• если прямая речь заканчивается вопросительным, восклицательным знаком или многоточием, знак пишется внутри кавычек, а точка после них не ставится.

Верно: «У меня! — услышал Горбун внутри голос своего сердца. — Ты влюблен в принцессу!» «Я? В принцессу? Глупости! Как могу я — такой страшный и мрачный — любить такую прекрасную Розу?» «Неужели кто-то полюбит такого уродливого горбуна, как я? — с горечью думал он. — А я сам смогу полюбить кого-то?» Он не знал ответа, до сих пор ему знакомы были только ненависть и зависть. От удивления Горбун застыл на месте и стоял столбом, не веря своим глазам: «Разве на свете бывает такая красота?!"

Вы (как, впрочем, и большинство выпускников школы) не вполне верно трактуете понятие причастный оборот. Разумеется, причастный оборот ― это причастие с зависимыми словами, но само по себе наличие причастного оборота еще не повод для выделения его запятыми. Так, деепричасный оборот выделяется запятыми потому, что он имеет значение дополнительного действия. Причастный же оборот выделяется в тех случаях, когда он имеет значение акцентированного определения (например, стоит после определяемого слова, как в предложении Облака, летящие над землей, казались призраками его мечтаний, или имеет не только определительное, но и дополнительное обстоятельственное значение, как в предложении Скошенная с утра, трава уже к полудню сухо шуршала под ногами; см. правила обособления определений), и неважно, выражено такое определение причастием или прилагательным (ср.: Облака, прозрачные и прерывистые, казались призраками его мечтаний). В приведенном Вами примере внутри деепричастного оборота имется словосочетание молотые и обжаренные какао-бобы, в котором определение выражено причастиями, но условий для его обособления нет.  

Существительное покойник одушевленное, существительное труп – неодушевленное.

Хотя признак одушевленности существительных тесно связан с представлением о живом / неживом, категория одушевленности / неодушевленности – это грамматическая категория, она имеет формальные средства выражения и не всегда последовательно отражает деление на живое / неживое. Одушевленные существительные имеют совпадающие окончания мн. числа винительного падежа  и родительного падежа, а для существительных муж. рода это распространяется и на ед. число: вижу покойника, вижу покойников (ср. в род. падеже: нет покойника, нет покойников). Неодушевленные существительные имеют совпадающие окончания мн. числа винительного падежа и именительного падежа, а для существительных муж. рода это распространяется и на ед. число: вижу труп, вижу трупы (ср. в именительном падеже: труп, трупы).

Приведенное Вами выражение чаще записывается в современной графике — с буквой и. Кавычки в нем возникают под влиянием специальных текстов (в частности, лингвистических), в которых буквы принято выделять курсивом (так, например, в наших ответах). Однако курсив в названиях букв, записанных словом (бэ, вэ, же, твердый знак, фита, ижица, э оборотное, и десятеричное, и восьмеричное, и краткое, и), как и кавычки, избыточен. Приведем другие примеры фразеологизмов с названиями букв: на ять, писать (выделывать) мыслете, от аза до ижицы, от альфы до омеги, от а до я. Если во фразеологизме необходимо заменить и на i, то кавычки тем более не нужны: иная графика (латиница или вышедшие из употребления буквы кириллицы) — достаточное средство выделения.

Наша общая рекомендация — не выделять букву во фразеологизме ни курсивом, ни кавычками (см. также фиксацию фразеологизма и других названий букв в базе орфографического академического ресурса «Академос»). Но мы не можем не отметить, что иногда от общих рекомендаций приходится отступать под влиянием всего текста, его оформления, расположения на странице. Такие решения принимает редактор.

1. Запятая в указанной позиции не нужна, так как пояснительная конструкция, отделенная с помощью тире, входит в причастный оборот с главным словом связанная. Отметим, однако, что два тире, поставленные на разных основаниях, в одном предложении крайне нежелательны, поэтому лучше разбить его на два: Переход к информационной цивилизации — одна из тенденций в развитии современного мира. Она тесно связана с другой отчетливо проявляющейся тенденцией — его глобализацией. Обратим также внимание на постановку запятой между определениями другой и отчетливо проявляющейся: а) другой может относиться к сочетанию отчетливо проявляющейся тенденцией (в этом случае предполагается, что и первая тенденция, переход к информационной цивилизации, тоже отчетливо проявляется), и тогда запятая не требуется; б) определение отчетливо проявляющейся может быть уточняющим по отношению к определению другой (в этом случае предполагается, что первая тенденция, переход к информационной цивилизации, в отличие от этой другой, проявляется неотчетливо), и тогда запятая требуется.

2. Запятая не ставится потому, что в приведенном контексте как = «в качестве».

Возможны варианты слогораздела: му-дрый и муд-рый, во-зду-шный и воз-душ-ный. Разные учебники придерживаются разных теорий деления слов на слоги. Что же касается морфемного состава, то он важен не для слогораздела, а для корректного переноса слова.