В слове часовня выделяется корень часовн- и окончание -я. В современном языке слова часовня (исторически, скорее всего, от часы ‘вид церковной службы’) и час нельзя считать однокоренными.

Сочетания нефтеперерабатывающий завод, швейная фабрика корректны. Вопрос о том, почему одни предприятия в русском языке называются заводами, а другие фабриками, в свое время (а именно в 1954 году) задавал С. И. Ожегову один из читателей его знаменитого толкового словаря. Сохранился ответ Сергея Ивановича читателю, который может служить ответом и на Ваш вопрос:

Наименование промышленного предприятия то фабрикой, то заводом связано с рядом исторических условий. Слово «фабрика» распространяется у нас со времени Петра I. В тех отраслях производства, в которых еще до Петра I имелась форма промыслового или промышленного предприятия, сохраняется название «завод». Такова, например, область металлургии, область производства, связанная с обработкой сельскохозяйственной продукции (кожевенный завод, современные консервный завод, хлебозавод и т. п.). Бумажное производство существовало до Петра I, но предприятия назывались «мельницами», а не «заводами», и со времени Петра I их стали звать «фабриками». Текстильное производство, как правило, не было организовано в форме предприятий, и со времени Петра I, когда появляются текстильные предприятия, они получают названия «фабрик». Исторические условия были, по-видимому, главным моментом, определившим различие наименований промышленных предприятий.

Правильны все приведенные Вами варианты переноса. Правило таково: группа неодинаковых согласных букв в середине слова, входящих в корень или образующих стык корня и суффикса, может быть разбита переносом любым образом.

Да, понятия фонетический слог и слог для переноса не всегда совпадают. Удвоенные согласные, входящие в корень или образующие стык корня и суффикса, разбиваются переносом, хотя входят в один фонетический слог.

Здесь представлены чередующиеся гласные. Вот правило: в безударном корне лаг- – лож- перед г пишется а, перед ж пишется о (исключение – слово полог, где корень -лог- в современном языке уже не выделяется).

Правильно: к этому не придерешься. Это слово содержит корень с чередованием -дир-//-дер-//-др-. В нем гласный звук обозначается буквой и, если после корня следует а. Ср.: придираться, придерусь, придерется, придраться.

Слово пожалуйста образовано с помощью -ста (одной из устарелых форм глагола стать) и пожалуй (возникло из пожалую «отблагодарю, сделаю это для тебя»). Пожалую, жаловать исторически имеют общий корень с жалеть, жалость.

Правильны все приведенные Вами варианты переноса. Правило звучит так: группа неодинаковых согласных букв в середине слова, входящих в корень или образующих стык корня и суффикса, может быть разбита переносом любым образом.