Верно: Проведенные занятия по образовательным программам, (каким?) согласованным...
По правилам — обстоятельство причины, оно не нуждается в обособлении.
Глагол решать (экзамен) здесь не подходит. Возможный вариант: проходить ОГЭ по русскому.
Правильно, если смысл - "по тому, в какое время прибывал автобус, сверяли часы".
Слово информация, будучи абстрактным существительным, употребляется только в единственном числе. Правильно: по полученной информации.
Вариант за водой общеупотребительный и стилистически нейтральный, вариант по воду уместен в народно-поэтической речи.
Сами по себе эти слова не требуют обособления, в остальном пунктуация зависит от строя предложения.
Верно: одна из причин, по которым... ; причина, по которой...
"Гонки по вертикали" - название книги братьев Вайнеров и одноименного советского фильма. Дополнительная информация - в ветке форума ГРАМОТЫ.РУ.