Слитное написание непохож тоже возможно (хотя встречается реже, чем раздельное). Общее правило: частица не выражает отрицание, не создавая нового слова, тогда как с помощью приставки не- создается слово. Поэтому если отрицается похожесть (что бывает чаще), то следует писать раздельно, а если утверждается непохожесть, возможно слитное написание.

Здесь запятая, конечно, не нужна. Но всё-таки есть разница между этим предложением и примерами из предыдущего вопроса. Мы можем опустить кавычки без потери смысла: В интервью он добавил, что, создавая что-то новое, необязательно разрушать старое. Но мы не можем опустить кавычки в предложении Фраза Козьмы Пруткова...

Согласно словарю «Как правильно? С большой буквы или с маленькой?» (В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова) и «Краткому справочнику по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» корректно написание: заместитель председателя суда, Аппарат Верховного Совета, сотрудники Аппарата Верховного Совета.

Вы и приводите ссылку на нормативный документ – действующие «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года (на нашем портале размещена их электронная версия, печатное издание Вы можете найти в библиотеке). Другое дело, что некоторые положения этого свода (особенно касающиеся употребления прописных букв) устарели и не соответствуют современной письменной норме.

Вы не указали год выхода книги, но это может быть или старая книга, или репринтное издание, воспроизводящее старое написание. Дело в том, что до утверждения в 1956 году «Правил русской орфографии и пунктуации» такие наречия, как по-видимому, по-прежнему, могли писаться слитно. Современная орфографическая норма требует только дефисного написания.

Лингвистические словари фиксируют написание Вооруженные силы РФ, однако в официальных документах принято написание с прописной буквы всех слов в этом сочетании. Вариант Вооруженные Силы Российской Федерации зафиксирован, например, в «Кратком справочнике по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» (этот справочник рекомендуется как нормативный источник для оформления официальной документации).

Тип текста имеет значение. Процитируем 6-е издание «Русского орфографического слоаря» (М., 2023):

Написание сокращения ч (без точки) соответствует требованиям ГОСТ 8.417–2002 и используется в специальных, учебных, а также любых других видах текстов; сокращение ч. (с точкой) является обычным текстовым сокращением слова (не терминологическим) и используется в неспециальных текстах.

Да, неприятная ситуация... А нет возможности воспользоваться другой компьютерной программой, которая не расставляет автоматически падежи? Учителям можно предъявить печатное издание – например, «Словарь русских личных имен» А. В. Суперанской (хочется надеяться, что учителям русского языка знакома эта фамилия), на последних страницах которого (в изданиях 2004, 2006 г. и др.) приведены правила склонения имен, отчеств и фамилий.

Дело в том, что всеохватного справочника по практическим вопросам русской речи сейчас нет. Если Вам необходим справочник по правописанию, то можно рекомендовать издание: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник. М., 2006.

Что касается грамматического справочника, то, возможно, подойдет книга «Грамматическая правильность русской речи. Стилистический словарь вариантов» (авторы: Л. К. Граудина, В. А. Ицкович, Л. П. Катлинская).

Вот как эти варианты описывает справочник "Управление в русском языке" Д. Э. Розенталя:

Специализироваться по чему - приобретать специальные познания, навыки в какой-либо отрасли науки или техники.

Специализироваться в чем и на чем - закрепляться за какой-либо одной специальной областью деятельности или сферой использования.

Таким образом, верно: студент специализируется по физиотерапии; компания специализируется в  нефтедобыче (на нефтедобыче).